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- PDB-1csz: SYK TYROSINE KINASE C-TERMINAL SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1csz
タイトルSYK TYROSINE KINASE C-TERMINAL SH2 DOMAIN COMPLEXED WITH A PHOSPHOPEPTIDEFROM THE GAMMA CHAIN OF THE HIGH AFFINITY IMMUNOGLOBIN G RECEPTOR, NMR
要素
  • ACETYL-THR-PTR-GLU-THR-LEU-NH2
  • SYK PROTEIN TYROSINE KINASE
キーワードCOMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE/PEPTIDE) / PROTEIN-TYROSINE KINASE SH2 DOMAIN / COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-PEPTIDE) / COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / cellular response to lectin / positive regulation of interleukin-3 production / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex / serotonin secretion by platelet ...interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / cellular response to lectin / positive regulation of interleukin-3 production / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex / serotonin secretion by platelet / Toll-like receptor binding / regulation of platelet aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / leukocyte activation involved in immune response / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / positive regulation of mast cell degranulation / lymph vessel development / regulation of platelet activation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / cell activation / regulation of phagocytosis / FLT3 signaling through SRC family kinases / cellular response to lipid / positive regulation of killing of cells of another organism / beta selection / macrophage activation involved in immune response / cellular response to molecule of fungal origin / early phagosome / leukotriene biosynthetic process / regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Interleukin-2 signaling / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / blood vessel morphogenesis / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of B cell differentiation / T cell receptor complex / leukocyte cell-cell adhesion / mast cell degranulation / : / positive regulation of interleukin-4 production / Dectin-2 family / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of receptor internalization / phospholipase binding / positive regulation of type I interferon production / amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / FCGR activation / positive regulation of bone resorption / phosphatase binding / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Signaling by CSF3 (G-CSF) / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of interleukin-12 production / phosphotyrosine residue binding / neutrophil chemotaxis / positive regulation of TORC1 signaling / positive regulation of calcium-mediated signaling / Integrin signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / FCERI mediated Ca+2 mobilization / SH2 domain binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / B cell differentiation / positive regulation of superoxide anion generation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / Regulation of signaling by CBL / animal organ morphogenesis / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / calcium-mediated signaling / positive regulation of protein-containing complex assembly / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / receptor internalization / platelet activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of interleukin-6 production / protein import into nucleus / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase SYK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Narula, S.S. / Yuan, R.W. / Adams, S.E. / Green, O.M. / Green, J. / Phillips, T.B. / Zydowsky, L.D. / Botfield, M.C. / Hatada, M.H. / Laird, E.R. ...Narula, S.S. / Yuan, R.W. / Adams, S.E. / Green, O.M. / Green, J. / Phillips, T.B. / Zydowsky, L.D. / Botfield, M.C. / Hatada, M.H. / Laird, E.R. / Zoller, M.J. / Karas, J.L. / Dalgarno, D.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Solution structure of the C-terminal SH2 domain of the human tyrosine kinase Syk complexed with a phosphotyrosine pentapeptide.
著者: Narula, S.S. / Yuan, R.W. / Adams, S.E. / Green, O.M. / Green, J. / Philips, T.B. / Zydowsky, L.D. / Botfield, M.C. / Hatada, M. / Laird, E.R. / Zoller, M.J. / Karas, J.L. / Dalgarno, D.C.
履歴
登録1995年10月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYK PROTEIN TYROSINE KINASE
B: ACETYL-THR-PTR-GLU-THR-LEU-NH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4642
ポリマ－13,4642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 SYK PROTEIN TYROSINE KINASE


分子量: 12734.667 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL SH2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P43405, EC: 2.7.1.112
#2: タンパク質・ペプチド ACETYL-THR-PTR-GLU-THR-LEU-NH2


分子量: 729.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE LIGAND IS A PHOSPHOTYROSINE CONTAINING PEPTIDE DERIVED FROM THE HIGH-AFFINITY IGE RECEPTOR
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: RECOMBINANT CONSTRUCT ADDED TO PROTEIN DOMAIN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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