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万見
- PDB-1crc: CYTOCHROME C AT LOW IONIC STRENGTH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1crc
タイトルCYTOCHROME C AT LOW IONIC STRENGTH
要素CYTOCHROME C
キーワードMITOCHONDRIAL ELECTRON TRANSPORT / FERRIC FORM / LOW IONIC STRENGTH
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / apoptotic signaling pathway / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / lipid binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Sanishvili, R. / Volz, K.W. / Westbrook, E.M. / Margoliash, E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: The low ionic strength crystal structure of horse cytochrome c at 2.1 A resolution and comparison with its high ionic strength counterpart.
著者: Sanishvili, R. / Volz, K.W. / Westbrook, E.M. / Margoliash, E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Crystallization of Wild-Type and Mutant Ferricytochromes C at Low Ionic Strength: Seeding Technique and X-Ray Diffraction Analysis
著者: Sanishvili, R. / Margoliash, E. / Westbrook, M.L. / Westbrook, E.M. / Volz, K.W.
履歴
登録1995年3月22日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7404
ポリマ－23,5032
非ポリマー1,2372
水2,162120
1
A: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3702
ポリマ－11,7521
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3702
ポリマ－11,7521
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.620, 105.010, 35.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 11751.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細COMPND MOLECULE: CYTOCHROME C. THE HEME IS OXIDIZED (FE 3+).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 42 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
220-25 %(w/v)PEG10001drop
30.05 Mpotassium phosphate1drop
430 %(w/v)PEG10001reservoir
50.05 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 8803 / % possible obs: 65 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.0396
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.0396

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROFFT精密化
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 2.08→10 Å / σ(F): 2
詳細: THE SIDE CHAINS OF RESIDUES LYS 72 AND LYS 87 IN MOLECULE A COULD BE FITTED TO THE ELECTRON DENSITY IN MORE THAN ONE CONFORMATION BUT THESE ARE NOT CLEARLY EXPRESSED ROTAMERS. THEY ARE ...詳細: THE SIDE CHAINS OF RESIDUES LYS 72 AND LYS 87 IN MOLECULE A COULD BE FITTED TO THE ELECTRON DENSITY IN MORE THAN ONE CONFORMATION BUT THESE ARE NOT CLEARLY EXPRESSED ROTAMERS. THEY ARE IDENTIFIED AS 'C' IN THE ALTERNATE LOCATIONS COLUMN. THE SIDE CHAINS OF RESIDUES LYS 8, LYS 53, GLU 61, LYS 86 AND LYS 100 IN MOLECULE B HAVE ROTAMERS. THEY ARE DESIGNATED 'D' IN THE ALTERNATE CONFORMATIONS COLUMN. THE SIDE CHAINS OF RESIDUES LYS 22, LYS 72 AND LYS 88 IN MOLECULE B COULD BE FITTED TO THE ELECTRON DENSITY IN MORE THAN ONE CONFORMATION BUT THESE ARE NOT CLEARLY EXPRESSED ROTAMERS. THEY ARE IDENTIFIED AS 'D' IN THE ALTERNATE LOCATIONS COLUMN.
Rfactor反射数%反射
obs0.177 7684 60 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 86 121 1934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0570.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.081
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.11.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.071
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.10.15
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1820.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2440.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3540.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3230.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor23
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor2020
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ/PROFFT / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.08 Å / 最低解像度: 2.35 Å / Total num. of bins used: 7 / Num. reflection obs: 1094 / Rfactor obs: 0.266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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