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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cqk | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CH3 DOMAIN FROM THE MAK33 ANTIBODY | ||||||
要素 | CH3 DOMAIN OF MAK33 ANTIBODY | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / CONSTANT DOMAIN / C1-SUBSET / IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Thies, M.J. / Mayer, J. / Augustine, J.G. / Frederick, C.A. / Lilie, H. / Buchner, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Folding and association of the antibody domain CH3: prolyl isomerization preceeds dimerization. 著者: Thies, M.J. / Mayer, J. / Augustine, J.G. / Frederick, C.A. / Lilie, H. / Buchner, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cqk.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cqk.ent.gz | 38.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cqk_validation.pdf.gz | 435.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cqk_full_validation.pdf.gz | 439.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cqk_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cqk_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cqk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11520.786 Da / 分子数: 2 / 断片: CH3 DOMAIN OF MAK33 ANTIBODY / 変異: K5A, K16L, K23L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R1A4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 41 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 20 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 10340 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.58 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Num. unique all: 705 / % possible all: 83.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 57677 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.205 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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