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- PDB-1cqi: Crystal Structure of the Complex of ADP and MG2+ with Dephosphory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cqi
タイトルCrystal Structure of the Complex of ADP and MG2+ with Dephosphorylated E. Coli Succinyl-CoA Synthetase
要素(PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE ...) x 2
キーワードLIGASE / ATP-GRASP FOLD / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding ...succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site ...Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / COENZYME A / PHOSPHATE ION / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Joyce, M.A. / Fraser, M.E. / James, M.N.G. / Bridger, W.A. / Wolodko, W.T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: ADP-binding site of Escherichia coli succinyl-CoA synthetase revealed by x-ray crystallography.
著者: Joyce, M.A. / Fraser, M.E. / James, M.N. / Bridger, W.A. / Wolodko, W.T.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: A Detailed Structural Description of Escherichia Coli Succinyl-Coa Synthetase
著者: Fraser, M.E. / James, M.N.G. / Bridger, W.A. / Wolodko, W.T.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: The Crystal Structure of Succinyl-Coa Synthetase from Escherichia Coli at 2.5A Resolution
著者: Wolodko, W.T. / Fraser, M.E. / James, M.N.G. / Bridger, W.A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: Crystallization of Succinyl-Coa Synthetase from Escherichia Coli
著者: Wolodko, W.T. / James, M.N.G. / Bridger, W.A.
履歴
登録1999年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE ALPHA CHAIN)
B: PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE BETA CHAIN)
D: PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE ALPHA CHAIN)
E: PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,74812
ポリマ－141,1204
非ポリマー2,6288
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.860, 99.860, 407.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4322

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要素

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PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE ALPHA CHAIN) / E.C.6.2.1.5 / SCS-ALPHA


分子量: 29436.902 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07459, UniProt: P0AGE9*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming)
#2: タンパク質 PROTEIN (SUCCINYL-COA SYNTHETASE BETA CHAIN) / E.C.6.2.1.5 / SCS-BETA


分子量: 41123.152 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07460, UniProt: P0A836*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming)

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, COENZYME A, pH 7.30, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.9 Mammonium sulfate11
20.1 Mpotassium phosphate11
31 mMdithiothreitol11
40.1 mMCoA11
50.1 mMEDTA11

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 31753 / Num. obs: 31753 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 195264
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 3.54 Å / Num. unique obs: 15389

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BIOMOLPACKAGEモデル構築
CNS精密化
WEISデータ削減
SCALKB2データスケーリング
KBAPLYデータスケーリング
精密化解像度: 3.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD REFINEMENT IN CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3470 10.9 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 31753 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.217 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.34 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9892 0 162 0 10054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 575 11.2 %
Rwork0.29 4543 -
obs--98.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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