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- PDB-1cqa: BIRCH POLLEN PROFILIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cqa
タイトルBIRCH POLLEN PROFILIN
要素PROFILIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / ACTIN-BINDING PROTEIN / ALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin binding / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Betula pendula (シダレカンバ)
手法X線回折 / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Ball, T. / Mahoney, N.M. / Valenta, R. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The molecular basis for allergen cross-reactivity: crystal structure and IgE-epitope mapping of birch pollen profilin.
著者: Fedorov, A.A. / Ball, T. / Mahoney, N.M. / Valenta, R. / Almo, S.C.
履歴
登録1996年7月26日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2931
ポリマ－14,2931
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.900, 59.900, 85.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN


分子量: 14293.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / Cell: POLLEN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25816
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulfate11
2100 mMMES11

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30.1 Å / Num. obs: 5973 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.084

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, 分子置換
解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY COMBINATION OF THE SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT AND MOLECULAR REPLACEMENT METHODS.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.178 --
obs-5356 85.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 0 48 1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0080.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0290.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.8861.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5682
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.7562
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.9193
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1260.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1940.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1960.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.160.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.22
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.210
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.110
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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