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- PDB-1cq2: NEUTRON STRUCTURE OF FULLY DEUTERATED SPERM WHALE MYOGLOBIN AT 2.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cq2
タイトルNEUTRON STRUCTURE OF FULLY DEUTERATED SPERM WHALE MYOGLOBIN AT 2.0 ANGSTROM
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HELICAL / GLOBULAR / ALL-HYDROGEN CONTAINING STRUCTURE / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2 Å
データ登録者Shu, F. / Ramakrishnan, V. / Schoenborn, B.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Enhanced visibility of hydrogen atoms by neutron crystallography on fully deuterated myoglobin.
著者: Shu, F. / Ramakrishnan, V. / Schoenborn, B.P.
履歴
登録1999年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8512
ポリマ－17,2351
非ポリマー6161
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.530, 30.910, 34.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.82, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN IS FULLY DEUTERATED
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
Plasmid details: USING T7 EXPRESSION SYSTEM / プラスミド: PET15A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
245 %satammonium sulfate1drop
350 mM1dropNa/K PO4
470 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR
タイプ: HIGH FLUX BEAM REACTOR AT BROOKHAVEN NATIONAL LABORATORY
波長: 1
検出器タイプ: MULTI-WIRE DETECTOR FOR NEUTRONS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→62 Å / Num. all: 15372 / Num. obs: 8685 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / % possible all: 92.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: USED OMIT MAP TO DETERMINE PROTONATION STATES OF HISTINDINES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 836 10 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.16 ---
obs0.16 8360 96.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 43 69 1329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.015
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONx_mcbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONx_mcangle_it
NEUTRON DIFFRACTIONx_scbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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