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- PDB-1cp8: NMR STRUCTURE OF DNA (5'-D(TTGGCCAA)2-3') COMPLEXED WITH NOVEL AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cp8
タイトルNMR STRUCTURE OF DNA (5'-D(TTGGCCAA)2-3') COMPLEXED WITH NOVEL ANTITUMOR DRUG UCH9
要素DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')
キーワードDNA
機能・相同性beta-D-Olivopyranose / Chem-DXA / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Katahira, R. / Katahira, M. / Yamashita, Y. / Ogawa, H. / Kyogoku, Y. / Yoshida, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the novel antitumor drug UCH9 complexed with d(TTGGCCAA)2 as determined by NMR.
著者: Katahira, R. / Katahira, M. / Yamashita, Y. / Ogawa, H. / Kyogoku, Y. / Yoshida, M.
履歴
登録1999年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1409
ポリマ－4,8532
非ポリマー2,2877
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: TWO MOLECULES OF THE DRUG UCH9 (DDA-DXA-DDA-DDL-DRI-DDA) BOUND IN THE MINOR GROOVE THE MODEL CONTAINS TWO MOLECULES OF UCH9 AND ONE MG CATION WHICH IS COORDINATED TO TWO UCH9 MOLECULES. IN ...詳細: TWO MOLECULES OF THE DRUG UCH9 (DDA-DXA-DDA-DDL-DRI-DDA) BOUND IN THE MINOR GROOVE THE MODEL CONTAINS TWO MOLECULES OF UCH9 AND ONE MG CATION WHICH IS COORDINATED TO TWO UCH9 MOLECULES. IN THIS ENTRY UCH9 IS PRESENTED AS HET GROUP, DDA-DXA-DDA-DDL-DRI-DDA. THESE GROUPS ARE NUMBERED 1-6 FOR ONE UCH9 AND 7-12 FOR THE OTHER UCH9.
#2: 多糖 beta-D-Olivopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-4-O-methyl-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-beta-D- ...beta-D-Olivopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-4-O-methyl-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 552.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: UCH9 WAS ISOLATED FROM STREPTOMYCES SP. THE DETAILS ARE SHOWN IN THE FOLLOWING PAPER: J. ANTIBIOTICS 51, 261-266,
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[ad122m-1b_1-5][ad112m-1b_1-5][ad122m-1b_1-5_4*OC]/1-2-3-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2-deoxy-Fucp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp4Me]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-DDA / beta-D-Olivopyranose / beta-D-Olivose / 2,6-dideoxy-beta-D-arabino-hexopyranose / 2,6-dideoxy-beta-D-glucopyranose / 2,6-dideoxy-beta-D-mannopyranose / 2-deoxy-beta-D-quinovopyranose / 2-deoxy-beta-D-rhamnoopyranose / D-Olivose / Olivose / 2,6-DIDEOXY-BETA-D-GLUCOSE / 2,6-DIDEOXY-BETA-D-MANNOSE / 2,6-ジデオキシ-β-D-arabino-ヘキソピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 148.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O4
詳細: UCH9 WAS ISOLATED FROM STREPTOMYCES SP. THE DETAILS ARE SHOWN IN THE FOLLOWING PAPER: J. ANTIBIOTICS 51, 261-266,
識別子タイププログラム
DOlibCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-OlivopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-2,6-deoxy-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
OliSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-DXA / 1,2-HYDRO-1-OXY-3,4-HYDRO-3-(1-METHOXY-2-OXY-3,4-DIHYDROXYPENTYL)-8,9-DIHYDROXY-7-(SEC-BUTYL)-ANTHRACENE


分子量: 430.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30O7
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQF-COSY
131TOCSY
141E.COSY
NMR実験の詳細Text: BEST STRUCTURE

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O, 100% D2O
試料状態pH: 6.9 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE ABSOLUTE CONFIGURATION OF THE HYDROPHILIC SIDECHAIN HAS NOT BEEN DETERMINED. IN THIS MODEL, IT WAS SET TO THE SAME ...詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE ABSOLUTE CONFIGURATION OF THE HYDROPHILIC SIDECHAIN HAS NOT BEEN DETERMINED. IN THIS MODEL, IT WAS SET TO THE SAME CONFIGURATION AS THAT OF THE OTHER AUREOLIC ACID GROUP COMPOUNDS, SUCH AS CHROMOMYCIN A3.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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