pH: 8.5 詳細: 100 MM TRIS PH 8.5 200 MM LITHIUM SULFATE 30% PEG 3350 (BAKER)
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID
濃度
一般名
Crystal-ID
Sol-ID
1
6.3mg/ml
protein
1
drop
2
55mM
Tris
1
drop
3
0.63mM
EDTA
1
drop
4
0.63mM
dithiothreitol
1
drop
5
11 %
PEG3350
1
drop
6
75mM
lithiumsulfate
1
drop
7
30 %
PEG3350
1
reservoir
8
200mM
lithiumsulfate
1
reservoir
9
100mM
Tris
1
reservoir
-
データ収集
回折
平均測定温度: 277 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器
タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→100 Å / Num. obs: 16917 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 2.68 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rsym value: 0.061
反射 シェル
解像度: 2→2.12 Å / Rsym value: 0.125 / % possible all: 66.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 45342 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
MLPHARE
位相決定
X-PLOR
3.851
精密化
SDMS
データ削減
SDMS
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED GROUP 1 FOR NCS RESTRAINTS: 1 - 37 AND 501 - 537, 47 - 73 AND 547 - 573, 76 - 81 AND 576 - 581, 88 - 93 AND 588 - 593, AND 108 - 126 AND 608 - 626. THE REMAINDER OF ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED GROUP 1 FOR NCS RESTRAINTS: 1 - 37 AND 501 - 537, 47 - 73 AND 547 - 573, 76 - 81 AND 576 - 581, 88 - 93 AND 588 - 593, AND 108 - 126 AND 608 - 626. THE REMAINDER OF THE PROTEIN ATOMS WERE IN GROUP 2. THIS P 21 CRYSTAL DISPLAYS MEROHEDRAL TWINNING AND CAN BE INDEXED AS ORTHORHOMBIC C 2 2 21
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.255
1576
10 %
RANDOM
Rwork
0.196
-
-
-
obs
0.196
15720
84.1 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 25.2 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
0 Å2
0 Å2
3-
-
-
0 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.29 Å
0.23 Å
Luzzati d res low
-
8 Å
Luzzati sigma a
0.2 Å
0.22 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
2122
0
58
106
2286
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d
0.01
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg
1.5
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d
23.4
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d
1.36
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_mcbond_it
3
1.5
X-RAY DIFFRACTION
x_mcangle_it
4.32
2
X-RAY DIFFRACTION
x_scbond_it
5.56
2
X-RAY DIFFRACTION
x_scangle_it
8.4
2.5
Refine LS restraints NCS
Ens-ID
Dom-ID
NCS model details
Refine-ID
Rms dev position (Å)
Weight position
1
1
YES
X-RAY DIFFRACTION
1.1
300
2
2
X-RAY DIFFRACTION
1.84
20
LS精密化 シェル
解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6