ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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X-PLOR | 3.1 | モデル構築 | X-PLOR | 3.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | X-PLOR | 3.1 | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: IDEAL ALPHA-HELIX 解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.285 | 166 | 10 % |
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Rwork | 0.214 | - | - |
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obs | 0.214 | 1691 | 99.95 % |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.6 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 226 | 0 | 5 | 18 | 249 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.013 | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.4 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d17 | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d1.7 | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.299 | 12 | 9.69 % |
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Rwork | 0.2402 | 153 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg17 | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_deg1.7 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.299 |
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