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万見
- PDB-1cno: STRUCTURE OF PSEUDOMONAS NAUTICA CYTOCHROME C552, BY MAD METHOD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cno
タイトルSTRUCTURE OF PSEUDOMONAS NAUTICA CYTOCHROME C552, BY MAD METHOD
要素CYTOCHROME C552
キーワードELECTRON TRANSPORT / PSEUDOMONAS NAUTICA / X RAY STRUCTURE / MULTIWAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION / HEME / CYTOCHROME C
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter hydrocarbonoclasticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Brown, K. / Nurizzo, D. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: MAD structure of Pseudomonas nautica dimeric cytochrome c552 mimicks the c4 Dihemic cytochrome domain association.
著者: Brown, K. / Nurizzo, D. / Besson, S. / Shepard, W. / Moura, J. / Moura, I. / Tegoni, M. / Cambillau, C.
履歴
登録1998年8月3日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C552
B: CYTOCHROME C552
C: CYTOCHROME C552
D: CYTOCHROME C552
E: CYTOCHROME C552
F: CYTOCHROME C552
G: CYTOCHROME C552
H: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,91019
ポリマ－69,6868
非ポリマー5,22411
水13,115728
1
A: CYTOCHROME C552
B: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6584
ポリマ－17,4212
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
2
C: CYTOCHROME C552
D: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6584
ポリマ－17,4212
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
3
E: CYTOCHROME C552
F: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9357
ポリマ－17,4212
非ポリマー1,5135
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
4
G: CYTOCHROME C552
H: CYTOCHROME C552
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6584
ポリマ－17,4212
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.800, 121.800, 136.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-294-

HOH

21G-297-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.95569, -0.284576, 0.075316), (-0.286032, 0.958177, -0.009077), (-0.069583, -0.030218, -0.997118)11.82894, 5.23245, 117.60955
2given(-0.974396, -0.135802, 0.179192), (0.145224, -0.98857, 0.040489), (0.171645, 0.065475, 0.982981)3.3046, 63.94316, -4.29454
3given(-0.796097, -0.352278, -0.492067), (-0.363452, 0.928452, -0.076676), (0.483872, 0.117801, -0.867174)52.6272, -16.57082, 101.27085

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要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME C552


分子量: 8710.734 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
詳細: C HEME IN EACH MONOMER LINKED BY CYS 14 AND 17 AND HIS 18 AND MET 60 AS AXIAL LIGANDS
由来: (天然) Marinobacter hydrocarbonoclasticus (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASM / 株: 617 / 参照: UniProt: P82903
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE 3 C-TERMINAL SIDE CHAINS WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAP AND WERE REPLACED BY ALANINE. LEU 36 ...THE 3 C-TERMINAL SIDE CHAINS WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAP AND WERE REPLACED BY ALANINE. LEU 36 CHANGED TO LYS 36; GLY 79 CHANGED TO TYR 79 COMPARED TO REF. EURO. J. BIOL. (1994), 224, 1011-1017.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
解説: THE STARTING MODEL WAS THE C552 FROM PS. NAUTICA SOLVED BY MAD METHOD AT 2.8A RESOLUTION
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.7 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
312 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 0.756
検出器タイプ: THOMPSON
検出器: X RAY IMAGE INTENSIFIER (THOMPSON) + PRINCETON CCD DETECTOR
日付: 1998年5月1日 / 詳細: FOCUSED BEAM TOROIDAL
放射モノクロメーター: LAUE BRAGG / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 58183 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.84 Å2 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.246 / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.229

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843モデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
PROWデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.843位相決定
精密化解像度: 2.2→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 400000 / Data cutoff low absF: 1.0E-5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1708 3 %RANDOM
Rwork0.1784 ---
obs0.1784 58148 99.31 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.26 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 2.2 Å / Luzzati sigma a obs: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4846 0 362 728 5936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.269
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.59
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.841
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 220 3.02 %
Rwork0.2073 6730 -
obs--95.41 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2083
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.267 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.593
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.841

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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