PDB-1cnl: ALPHA-CONOTOXIN IMI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1cnl

タイトル

ALPHA-CONOTOXIN IMI

要素

PROTEIN (ALPHA-CONOTOXIN IMI)

キーワード

TOXIN / CONOTOXIN / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR BLOCKER

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin ImI

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Gehrmann, J. / Daly, N.L. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of alpha-conotoxin ImI by 1H nuclear magnetic resonance.
著者: Gehrmann, J. / Daly, N.L. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.

履歴

登録	1999年5月20日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1cnl.cif.gz	34.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1cnl.ent.gz	22.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1cnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/1cnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/1cnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mf6-d 2mfv-d 5awl-d 2ldc-d 6ucx-d 1ieo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (ALPHA-CONOTOXIN IMI)

1.36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	PROTEIN (ALPHA-CONOTOXIN IMI) 分子量: 1356.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN CONUS IMPERIALIS. 参照: UniProt: P50983
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TOCSY
1	2	1	NOESY
1	3	1	COSY
1	4	1	E-COSY
1	5	1	HMQC

-
試料調製

詳細	内容: 10% D2O/90% H2O
試料状態	pH: 3.1 / 温度: 280 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.85	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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