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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cmq | ||||||
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タイトル | SMALL MOLECULE BINDING TO AN ARTIFICIALLY CREATED CAVITY AT THE ACTIVE SITE OF CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
![]() | CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE(H2O2(A)) | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / mitochondrial intermembrane space / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Fitzgerald, M.M. / Mcree, D.E. / Churchill, M.J. / Goodin, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Small molecule binding to an artificially created cavity at the active site of cytochrome c peroxidase. 著者: Fitzgerald, M.M. / Churchill, M.J. / McRee, D.E. / Goodin, D.B. #1: ![]() タイトル: The Asp-His-Fe Triad of Cytochrome C Peroxidase Controls the Reduction Potential Electronic Structure and Coupling of the Tryptophan Free-Radical to the Heme 著者: Goodin, D.B. / Mcree, D.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33458.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: POTENTIAL / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Wang, J.M. (1990) Biochemistry, 29, 7160. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 19881 / % possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 1.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→5 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→5 Å
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拘束条件 |
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