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- PDB-1ckt: CRYSTAL STRUCTURE OF HMG1 DOMAIN A BOUND TO A CISPLATIN-MODIFIED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ckt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HMG1 DOMAIN A BOUND TO A CISPLATIN-MODIFIED DNA DUPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*(5IU)P*CP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
  • HIGH MOBILITY GROUP 1 PROTEIN
キーワードGENE REGULATION/DNA / HIGH-MOBILITY GROUP DOMAIN / BENT DNA / PROTEIN-DRUG-DNA COMPLEX / GENE REGULATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


male-specific defense response to bacterium / Apoptosis induced DNA fragmentation / open form four-way junction DNA binding / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / crossed form four-way junction DNA binding / positive regulation of myeloid cell apoptotic process / Pyroptosis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / TRAF6 mediated NF-kB activation ...male-specific defense response to bacterium / Apoptosis induced DNA fragmentation / open form four-way junction DNA binding / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / crossed form four-way junction DNA binding / positive regulation of myeloid cell apoptotic process / Pyroptosis / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / plasmacytoid dendritic cell activation / Regulation of TLR by endogenous ligand / regulation of tolerance induction / positive regulation of mismatch repair / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of apoptotic cell clearance / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / myeloid dendritic cell activation / DNA geometric change / T-helper 1 cell activation / C-X-C chemokine binding / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / bent DNA binding / positive regulation of dendritic cell differentiation / glycolipid binding / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of glycogen catabolic process / neutrophil clearance / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of DNA ligation / RAGE receptor binding / eye development / positive regulation of interleukin-1 production / induction of positive chemotaxis / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / bubble DNA binding / V(D)J recombination / myeloid progenitor cell differentiation / myeloid cell differentiation / regulation of nucleotide-excision repair / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of innate immune response / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-7 / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / supercoiled DNA binding / glycogen catabolic process / apoptotic cell clearance / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / myoblast proliferation / endothelial cell proliferation / DNA binding, bending / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of wound healing / negative regulation of DNA replication / protein kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / phosphatidylserine binding / positive regulation of activated T cell proliferation / response to type II interferon / positive regulation of interferon-alpha production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of myoblast differentiation / response to glucose / DNA polymerase binding / positive regulation of autophagy / four-way junction DNA binding / condensed chromosome / response to glucocorticoid / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / transcription repressor complex / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / lipopolysaccharide binding / positive regulation of JNK cascade / lung development / peptide binding / response to insulin / base-excision repair / cell morphogenesis / heterochromatin formation
類似検索 - 分子機能
HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain ...HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cisplatin / DNA / DNA (> 10) / High mobility group protein B1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ohndorf, U.-M. / Rould, M.A. / Pabo, C.O. / Lippard, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Basis for recognition of cisplatin-modified DNA by high-mobility-group proteins.
著者: Ohndorf, U.M. / Rould, M.A. / He, Q. / Pabo, C.O. / Lippard, S.J.
履歴
登録1999年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*CP*(5IU)P*CP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3')
A: HIGH MOBILITY GROUP 1 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7084
ポリマ－18,4083
非ポリマー3001
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.210, 50.410, 53.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.82, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*(5IU)P*CP*TP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 4872.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 5037.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 HIGH MOBILITY GROUP 1 PROTEIN / HMG-1 / AMPHOTERIN / HEPARIN-BINDING PROTEIN P30


分子量: 8497.785 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 8-78, DOMAIN A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: SORAGYE-DAWLEY / 組織: LIVER / プラスミド: PT7-HMG1BA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): HMG1 DOMAIN A (M1-F89) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P63159
#4: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED FROM A SOLUTION THAT CONTAINED HEPES, MAGNESIUM ACETATE, PEG 3350, GLYCEROL AND DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MAGNESIUM ACETATE11
2HEPES11
3PEG 335011
4GLYCEROL11
5DTT11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.6 mMprotein1drop
20.9 mMDNA duplex1drop
30.05 MHEPES1drop
440 mMmagnesium acetate1drop
51 %glycerol1drop
616 %PEG33501drop
72.5 mMdithiothreitol1drop
80.1 MHEPES1reservoir
980 mMmagnesium acetate1reservoir
101 %glycerol1reservoir
1116 %PEG33501reservoir
125 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 9655 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.2 % / Rmerge(I) obs: 0.334

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TYR: TYR 77 C-TERMINAL OXYGEN OXT WAS NOT FOUND IN ELECTRON DENSITY MAP; C-TERMINAL RESIDUES 78-89 WERE NOT SEEN IN DENSITY MAP
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1710 10 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 17638 65.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数562 650 3 74 1289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d32.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg32.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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