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- PDB-1ckm: STRUCTURE OF TWO DIFFERENT CONFORMATIONS OF MRNA CAPPING ENZYME I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ckm
タイトルSTRUCTURE OF TWO DIFFERENT CONFORMATIONS OF MRNA CAPPING ENZYME IN COMPLEX WITH GTP
要素MRNA CAPPING ENZYME
キーワードCAPPING ENZYME / MRNA / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase / mRNA guanylyltransferase activity / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
mRNA Capping Enzyme; Chain / mRNA Capping Enzyme; domain 3 / mRNA capping enzyme, adenylation domain / mRNA capping enzyme, C-terminal / mRNA capping enzyme, catalytic domain / mRNA capping enzyme, C-terminal domain / : / DNA ligase/mRNA capping enzyme / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins ...mRNA Capping Enzyme; Chain / mRNA Capping Enzyme; domain 3 / mRNA capping enzyme, adenylation domain / mRNA capping enzyme, C-terminal / mRNA capping enzyme, catalytic domain / mRNA capping enzyme, C-terminal domain / : / DNA ligase/mRNA capping enzyme / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / mRNA-capping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIR WITH A MERCURY DERIVATIVE OBTAINED BY SOAKING THE CRYSTAL FOR TWO HOURS IN 1 MM THIMEROSAL, A SELENOMETHIONINE DERIVATIVE / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hakansson, K. / Doherty, A.J. / Wigley, D.B.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: X-ray crystallography reveals a large conformational change during guanyl transfer by mRNA capping enzymes.
著者: Hakansson, K. / Doherty, A.J. / Shuman, S. / Wigley, D.B.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization of the RNA Guanylyltransferase of Chlorella Virus Pbcv-1 Change During Guanyl Transfer by Mrna Capping Enzymes
著者: Doherty, A.J. / Hakansson, K. / Ho, C.K. / Shuman, S. / Wigley, D.B.
履歴
登録1997年4月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MRNA CAPPING ENZYME
B: MRNA CAPPING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8164
ポリマ－75,7702
非ポリマー1,0462
水6,485360
1
A: MRNA CAPPING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4082
ポリマ－37,8851
非ポリマー5231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MRNA CAPPING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4082
ポリマ－37,8851
非ポリマー5231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: MRNA CAPPING ENZYME
B: MRNA CAPPING ENZYME
ヘテロ分子

A: MRNA CAPPING ENZYME
B: MRNA CAPPING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,6338
ポリマ－151,5404
非ポリマー2,0934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area12320 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area54630 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28810 Å2
手法PISA
5
A: MRNA CAPPING ENZYME
ヘテロ分子

A: MRNA CAPPING ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8164
ポリマ－75,7702
非ポリマー1,0462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area4410 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area30130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.332, 214.931, 105.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT ARE IN DIFFERENT CONFORMATIONS. THE PROTEIN IS MONOMERIC AND THIS ENTRY MERELY REPRESENTS A CO-CRYSTAL OF THE ENZYME IN TWO DIFFERENT CONFORMATIONS.

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要素

#1: タンパク質 MRNA CAPPING ENZYME / RNA GUANYLYLTRANSFERASE


分子量: 37884.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
属: Chlorovirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84424, mRNA guanylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. 10-15 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS-HCL, 0.5 M NACL, 10 MM MGCL2, 5MM GTP, 2 MM EDTA, 4 MM DTT, PH 7.5 WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF AND EQUILIBRATED AGAINST ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. 10-15 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS-HCL, 0.5 M NACL, 10 MM MGCL2, 5MM GTP, 2 MM EDTA, 4 MM DTT, PH 7.5 WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF AND EQUILIBRATED AGAINST 100 MM TRIS-HCL, 200 MM NACL, 200 MM AMMONIUM SULFATE 34% MEOPEG 5000, PH 7.5., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Doherty, A.J., (1996) Nucl. Acids Res., 24. 2281.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 U/mlclostripain11
250 mMTris-HCl11
35 mM11CaCl2
45 mMdithiothreitol11
510 %glycerol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.448
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.448 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 36196 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 48.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MIR WITH A MERCURY DERIVATIVE OBTAINED BY SOAKING THE CRYSTAL FOR TWO HOURS IN 1 MM THIMEROSAL, A SELENOMETHIONINE DERIVATIVE
解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 -5 %
Rwork0.218 --
obs0.218 35714 97.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5122 0 64 360 5546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.714
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.16
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.99
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19.PROTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLUSER DEFINED
X-RAY DIFFRACTION3USER DEFINED
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.164
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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