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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cke | ||||||
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タイトル | CMP KINASE FROM ESCHERICHIA COLI FREE ENZYME STRUCTURE | ||||||
要素 | PROTEIN (CYTIDINE MONOPHOSPHATE KINASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / NUCLEOTIDE MONOPHOSPHATE KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (d)CMP kinase / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / (d)CMP kinase activity / : / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / guanosine tetraphosphate binding / response to X-ray / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Briozzo, P. / Golinelli-Pimpaneau, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Structures of escherichia coli CMP kinase alone and in complex with CDP: a new fold of the nucleoside monophosphate binding domain and insights into cytosine nucleotide specificity. 著者: Briozzo, P. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Gilles, A.M. / Gaucher, J.F. / Burlacu-Miron, S. / Sakamoto, H. / Janin, J. / Barzu, O. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996 タイトル: Cmp Kinase from Escherichia Coli is Structurally Related to Other Nucleoside Monophosphate Kinases 著者: Bucurenci, N. / Sakamoto, H. / Briozzo, P. / Palibroda, N. / Serina, L. / Sarfati, R.S. / Labesse, G. / Briand, G. / Danchin, A. / Barzu, O. / Gilles, A.M. #2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1995 タイトル: The Cmk Gene Encoding Cytidine Monophosphate Kinase is Located in the rspA Operon and is Required for Normal Replication Rate in Escherichia Coli 著者: Fricke, J. / Neuhard, J. / Kelln, R.A. / Pedersen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cke.cif.gz | 56.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cke.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1cke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1cke | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24748.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6I0, UMP/CMP kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月7日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 23804 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 185661 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.395 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75→7 Å / σ(F): 2 詳細: SIDE CHAIN FROM RESIDUE ARG 173 WAS NOT WELL DEFINED IN THE DENSITY AND WAS MODELED BY STEREOCHEMISTRY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 33.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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