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- PDB-1ck2: YEAST (SACCHAROMYCES CEREVISIAE) RIBOSOMAL PROTEIN L30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ck2
タイトルYEAST (SACCHAROMYCES CEREVISIAE) RIBOSOMAL PROTEIN L30
要素60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
キーワードRIBOSOME / RIBOSOMAL PROTEIN / AUTO-REGULATION OF PRE-MRNA SPLICING AND MRNA TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-mRNA 5'-splice site binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / rRNA processing / cytosolic large ribosomal subunit ...pre-mRNA 5'-splice site binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / rRNA processing / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL30
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMIC
データ登録者Mao, H. / Willamson, J.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Local folding coupled to RNA binding in the yeast ribosomal protein L30
著者: Mao, H. / Williamson, J.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987
タイトル: The Yeast Ribosomal Protein L32 and its Gene
著者: Dabeva, M.D. / Warner, J.R.
履歴
登録1999年4月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2991
ポリマ－11,2991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / RL30_YEAST


分子量: 11299.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This entry, 1CK2, is the replacement of 1CN6 cited in the primary reference
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: RECOMBINANT EXPRESSION AS A C-TERMINAL MALTOSE-BINDING PROTEIN FUSION IN ESCHERICHIA COLI STRAIN JM109 HOSTING PLASMID PMALC-30
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: RPL30 / Organelle: RIBOSOME, 60S SUBUNIT / プラスミド: PMALC-L30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14120

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
141HNCA
151HNCO
161HN(CO)CA
171CBCA(CO)NH
181HCCHTOCSY
191NOESYHSQC
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE. THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED L30 PROTEIN.

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態イオン強度: 300 mM / pH: 6.5 / 圧: 1 ATOM / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VARIAN INOVA / 製造業者: Varian / モデル: VARIAN INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberPEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
NMRDraw構造決定
NMRPipe構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMIC / ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE INTRARESIDUE NOES 720 INTERRESIDUE NOES 698 SEQUENTIAL (|I-J|=1) 291 SHORT-RANGE (|I-J|<=4) 149, LONG-RANGE (|I-J|>4) 258, HYDROGEN BONDS 62. TOTAL 1418, TORSION BACKBONE PHI 80, SIDECHAIN KAI1 59, TOTAL 139
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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