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- PDB-1ci4: THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR (BAF) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ci4
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR (BAF)
要素PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR (BAF))
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RETROVIRAL INTEGRATION / PREINTEGRATION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation ...negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / chromosome organization / condensed chromosome / negative regulation of innate immune response / response to virus / DNA integration / nuclear envelope / chromatin organization / double-stranded DNA binding / response to oxidative stress / chromatin / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barrier-to-autointegration factor, BAF / Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / : / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Barrier-to-autointegration factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Umland, T.C. / Wei, S.-Q. / Craigie, R. / Davies, D.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural basis of DNA bridging by barrier-to-autointegration factor.
著者: Umland, T.C. / Wei, S.Q. / Craigie, R. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: A previously unidentified host protein protects retroviral DNA from autointegration.
著者: Lee, M.S. / Craigie, R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Protection of retroviral DNA from autointegration: involvement of a cellular factor.
著者: Lee, M.S. / Craigie, R.
履歴
登録1999年4月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年11月27日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.occupancy / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._atom_site.occupancy / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR (BAF))
B: PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR (BAF))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3352
ポリマ－20,3352
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.800, 41.800, 214.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-199-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.86468, 0.3456, -0.36454), (0.36982, -0.05314, -0.92758), (-0.33995, -0.93688, -0.08186)46.96663, 3.67135, 21.67661
2given(-0.86468, 0.36982, -0.33995), (0.3456, -0.05314, -0.93688), (-0.36454, -0.92758, -0.08186)46.62228, 4.27167, 22.301

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR (BAF))


分子量: 10167.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SELENOMETHIONINE (RESIDUE NAME MSE) HAS BEEN SUBSTITUTED FOR METHIONINE
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)LYSS / 参照: UniProt: O75531
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 6.5
詳細: DIALYSIS OF PROTEIN AT 8.3 MG/ML IN 20MM TRIS HCL AT PH7.0, 10%(W/V) GLYCEROL, 150MM NACL, 10MM DTT, AND 0.1MM EDTA AGAINST 20MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, 80MM NACL, AND 10MM DTT. DIALYSIS DONE AT ...詳細: DIALYSIS OF PROTEIN AT 8.3 MG/ML IN 20MM TRIS HCL AT PH7.0, 10%(W/V) GLYCEROL, 150MM NACL, 10MM DTT, AND 0.1MM EDTA AGAINST 20MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, 80MM NACL, AND 10MM DTT. DIALYSIS DONE AT ROOM TEMPERATURE.(ALL CONCENTRATIONS ARE IN MILLI-MOLAR)
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMimidazole11
280 mM11NaCl
310 mMdithiothreitol11

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.9793,0.9789,0.9686
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月27日 / 詳細: BENT MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97891
30.96861
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 16011 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rsym value: 6.1 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rsym value: 18.4 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 219206 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.184

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHASES-95モデル構築
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASESV. 95位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 281646.63 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLI
詳細: REFINEMENT TARGET: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING INTENSITIES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1588 10.1 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs-15702 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.72 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.27 Å20 Å20 Å2
2--4.27 Å20 Å2
3----8.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1389 0 0 228 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.792.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight Biso Weight position
11RESTRAINTS2.160.198320
222.450.364310
334.361.0855
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 248 10 %
Rwork0.26 2234 -
obs--97.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 14112 / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0099
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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