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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1chn | ||||||
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タイトル | MAGNESIUM BINDING TO THE BACTERIAL CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY RESULTS IN LARGE CONFORMATIONAL CHANGES INVOLVING ITS FUNCTIONAL SURFACE | ||||||
要素 | CHEY | ||||||
キーワード | SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / aerotaxis / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / aerotaxis / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Bellsolell, L. / Coll, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Magnesium binding to the bacterial chemotaxis protein CheY results in large conformational changes involving its functional surface. 著者: Bellsolell, L. / Prieto, J. / Serrano, L. / Coll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1chn.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1chn.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1chn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1chn_validation.pdf.gz | 348.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1chn_full_validation.pdf.gz | 348.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1chn_validation.xml.gz | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1chn_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/1chn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/1chn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 110 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13981.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: CHEY / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE OCTAHEDRAL COORDINATION SHELL OF THE MG2+ ION INCLUDES CARBOXYL OXYGEN FROM ASP 13 AND ASP 57, ...THE OCTAHEDRAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.76 Å / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.76→10 Å / σ(F): 2 詳細: ATOM NAMES FOR OXYGEN ATOMS OD1 AND OD2 FROM ACTIVE SITE RESIDUES ASP 12 AND ASP 13 HAVE BEEN INTERCHANGED WITH RESPECT TO THE NUMBERING USED IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 11528 / Num. reflection obs: 11494 / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.72 |