[日本語] English
万見
- PDB-1chk: STREPTOMYCES N174 CHITOSANASE PH5.5 298K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1chk
タイトルSTREPTOMYCES N174 CHITOSANASE PH5.5 298K
要素CHITOSANASE
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL) / ANTI-FUNGAL PROTEIN / HYDROLASE / O-GLYCOSYL
機能・相同性
機能・相同性情報


chitosanase / chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitosanase; Chain A, domain 2 / Chitosanase, subunit A, domain 2 / Chitosanases families 46 and 80 active sites signature. / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Glycoside hydrolase, family 46, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 46 / Glycoside hydrolase, family 46 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle ...Chitosanase; Chain A, domain 2 / Chitosanase, subunit A, domain 2 / Chitosanases families 46 and 80 active sites signature. / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Glycoside hydrolase, family 46, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 46 / Glycoside hydrolase, family 46 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Marcotte, E.M. / Robertus, J.D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of an anti-fungal chitosanase from streptomyces N174.
著者: Marcotte, E.M. / Monzingo, A.F. / Ernst, S.R. / Brzezinski, R. / Robertus, J.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of a Chitosanase from Streptomyces N174
著者: Marcotte, E. / Hart, P.J. / Boucher, I. / Brzezinski, R. / Robertus, J.D.
履歴
登録1995年6月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CHITOSANASE
B: CHITOSANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6982
ポリマ－51,6982
非ポリマー00
水91951
1
A: CHITOSANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8491
ポリマ－25,8491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHITOSANASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8491
ポリマ－25,8491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 59.300, 85.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.593133, -0.777506, -0.208994), (-0.776563, 0.483989, 0.403367), (-0.212469, 0.401547, -0.890852)
ベクター: 58.7539, 21.9874, 36.3579)

-
要素

#1: タンパク質 CHITOSANASE / ENDOCHITOSANASE


分子量: 25848.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: N174 / 解説: SECRETED (MATURE PEPTIDE) / 遺伝子: CSN / プラスミド: PRL270 / 遺伝子 (発現宿主): CSN / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: P33665
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Marcotte, E., (1993) J.Mol.Biol., 232, 995.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
220 mMsodium acetate1drop
30.5 Mpotassium phosphate1drop
420 %(w/v)PEG80001drop
50.5 Mpotassium phosphate1reservoir
620 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年9月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 21903 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0885
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 121478

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.4→5 Å / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.175 -0.236 %
Rwork0.181 --
obs0.181 19182 98.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3640 0 0 51 3691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.12
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 0.236 % / Rfactor obs: 0.1809 / Rfactor Rfree: 0.1748 / Rfactor Rwork: 0.1809
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.118
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る