+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cgk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CHALCONE SYNTHASE FROM ALFALFA COMPLEXED WITH NARINGENIN | ||||||
要素 | PROTEIN (CHALCONE SYNTHASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / POLYKETIDE SYNTHASE / CHALCONE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chalcone biosynthetic process / : / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Ferrer, J.-L. / Jez, J. / Bowman, M.E. / Dixon, R. / Noel, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structure of chalcone synthase and the molecular basis of plant polyketide biosynthesis. 著者: Ferrer, J.L. / Jez, J.M. / Bowman, M.E. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cgk.cif.gz | 97.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cgk.ent.gz | 74.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cgk_validation.pdf.gz | 658.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1cgk_full_validation.pdf.gz | 666.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cgk_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cgk_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42755.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NARINGENIN 由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ) 組織: 21 DAY OLD ROOT NODULE / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30074, chalcone synthase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NAR / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.5 詳細: THE DROPLE CONSISTED ON 25 MGR/ML (FINAL CONCENTRATION) PROTEIN MIXED WITH THE RESERVOIR WHICH CONTAINED 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM PIPES BUFFER (PH 6.5) , IN THE PRESENCE (UP TO 5 MM) OR ...詳細: THE DROPLE CONSISTED ON 25 MGR/ML (FINAL CONCENTRATION) PROTEIN MIXED WITH THE RESERVOIR WHICH CONTAINED 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM PIPES BUFFER (PH 6.5) , IN THE PRESENCE (UP TO 5 MM) OR ABSENCE OF DTT REDUCING AGENT. CRYSTALS WERE STABILIZED IN 40% (V/V) PEG400, 100 MM PIPES 16 MM NARINGENIN PRIOR TO FREEZING AT 105 K, pH 6.50 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→51.68 Å / Num. obs: 26948 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 0.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Rsym value: 0.011 / % possible all: 8.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.84 Å / 最低解像度: 51.68 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS 冗長度: 0.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: PDB ENTRY 1BI5 解像度: 1.84→84.5 Å / σ(F): 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→84.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.162 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |