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- PDB-1cf2: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cf2
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEON METHANOTHERMUS FERVIDUS
要素PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXYDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)+) (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / glycolytic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type II / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type II / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermus fervidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Charron, C. / Talfournier, F. / Isuppov, M.N. / Branlant, G. / Littlechild, J.A. / Vitoux, B. / Aubry, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of D-glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus.
著者: Charron, C. / Talfournier, F. / Isupov, M.N. / Branlant, G. / Littlechild, J.A. / Vitoux, B. / Aubry, A.
履歴
登録1999年3月24日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
R: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
O: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
Q: PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,17712
ポリマ－149,8194
非ポリマー3,3588
水17,294960
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19100 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area43470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.660, 153.280, 74.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99936, 0.00904, -0.03459), (-0.00659, -0.99751, -0.07028), (-0.03514, -0.07001, 0.99693)73.85568, 77.07173, 4.1492
2given(-0.42904, 0.90153, 0.05626), (0.90298, 0.42646, 0.05247), (0.02332, 0.07331, -0.99704)17.86558, -11.76918, 10.72348
3given(0.43776, -0.89909, -0.00296), (-0.89908, -0.43777, 0.00371), (-0.00463, 0.00103, -0.99999)55.16506, 88.05237, 14.67648

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE)


分子量: 37454.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanothermus fervidus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
参照: UniProt: P10618, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Jancarik, J., (1991) J. Appl. Crystallogr., 24, 409.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10 mg/ml / 一般名: protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM02 / 波長: 0.987
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→10 Å / Num. obs: 82965 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rsym value: 5.6 / Net I/σ(I): 9.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Num. measured all: 415252 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.11 Å / 最低解像度: 2.17 Å / % possible obs: 69.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 -2 %
Rwork0.194 --
obs-82965 91.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10448 0 212 960 11620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.643
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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