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- PDB-1cez: CRYSTAL STRUCTURE OF A T7 RNA POLYMERASE-T7 PROMOTER COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cez
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A T7 RNA POLYMERASE-T7 PROMOTER COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*A)-3')
  • PROTEIN (BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE)
キーワードTRANSFERASE/DNA / T7 RNA POLYMERASE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal ...Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cheetham, G.M.T. / Jeruzalmi, D. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structural basis for initiation of transcription from an RNA polymerase-promoter complex.
著者: Cheetham, G.M. / Jeruzalmi, D. / Steitz, T.A.
履歴
登録1999年3月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*A)-3')
N: DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,7783
ポリマ－108,7783
非ポリマー00
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)220.100, 73.300, 80.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*A)-3') / PROMOTER TEMPLATE STRAND


分子量: 5256.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*A)-3') / PROMOTER NON-TEMPLATE STRAND


分子量: 4536.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE) / EC 2.7.7.6


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8.7 / 詳細: pH 8.7
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
3200 mMammonium sulfate1reservoir
40.25 %beta-n-octylglucopyranoside1reservoir
5100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 50077 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4243 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 42312 81.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.91 Å20 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----8.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6639 656 0 471 7766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 187 8.6 %
Rwork0.302 1984 -
obs--50.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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