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万見
- PDB-1cew: THE 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CHICKEN EGG WHITE CY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cew
タイトルTHE 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CHICKEN EGG WHITE CYSTATIN AND ITS POSSIBLE MODE OF INTERACTION WITH CYSTEINE PROTEINASES
要素CYSTATIN
キーワードPROTEINASE INHIBITOR(CYSTEINE)
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / vesicle / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bode, W. / Musil, D. / Huber, R.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1988
タイトル: The 2.0 A X-ray crystal structure of chicken egg white cystatin and its possible mode of interaction with cysteine proteinases.
著者: Bode, W. / Engh, R. / Musil, D. / Thiele, U. / Huber, R. / Karshikov, A. / Brzin, J. / Kos, J. / Turk, V.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Conformational Variability of Chicken Cystatin: Comparison of Structures Determined by X-Ray Diffraction and NMR-Spectroscopy
著者: Engh, R.A. / Dieckmann, T. / Bode, W. / Auerswald, E.A. / Turk, V. / Huber, R. / Oschkinat, H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The Structures of Native Phosphorylated Chicken Cystatin and of a Recombinant Unphosphorylated Variant in Solution
著者: Dieckmann, T. / Mitschang, L. / Hofmann, M. / Kos, J. / Turk, V. / Auerswald, E.A. / Jaenicke, R. / Oschkinat, H.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991
タイトル: The Cystatins: Protein Inhibitors of Cysteine Proteinases
著者: Turk, V. / Bode, W.
#4: ジャーナル: Biol.Chem.Hoppe-Seyler / 年: 1990
タイトル: Mechanism of Interaction of Cysteine Proteinases and Their Protein Inhibitors as Compared to the Serine Proteinase-Inhibitor Interaction
著者: Bode, W. / Engh, R. / Musil, D. / Laber, B. / Stubbs, M. / Huber, R. / Turk, V.
#5: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: Mechanism of Inhibition of Papain by Chicken Egg White Cystatin: Inhibition Constants of N-Terminally Truncated Forms and Cyanogen Bromide Fragments of the Inhibitor
著者: Machleidt, W. / Thiele, U. / Laber, B. / Assfalg-Machleidt, I. / Esterl, A. / Wiegand, G. / Kos, J. / Turk, V. / Bode, W.
#6: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: The Cysteine Proteinase Inhibitor Chicken Cystatin is a Phophoprotein
著者: Laber, B. / Krieglstein, K. / Henschen, A. / Kos, J. / Turk, V. / Huber, R. / Bode, W.
履歴
登録1993年4月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年9月7日Group: Other
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: CYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2051
ポリマ－12,2051
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.900, 47.900, 87.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: GLU I 88 - MET I 89 OMEGA =121.89 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 CYSTATIN


分子量: 12204.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: EGG / 参照: UniProt: P01038
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris-HCl11
211NaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 6715 / % possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 30 %

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.198 / 最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数854 0 0 123 977
ソフトウェア
*PLUS
名称: EREF / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 6181 / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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