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万見
- PDB-1cdw: HUMAN TBP CORE DOMAIN COMPLEXED WITH DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cdw
タイトルHUMAN TBP CORE DOMAIN COMPLEXED WITH DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*G)-3')
  • PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION INITIATION / DNA BINDING / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus ...RNA polymerase transcription factor SL1 complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase I Transcription Initiation / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / mRNA transcription by RNA polymerase II / NoRC negatively regulates rRNA expression / euchromatin / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nikolov, D.B. / Chen, H. / Halay, E.D. / Hoffmann, A. / Roeder, R.G. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a human TATA box-binding protein/TATA element complex.
著者: Nikolov, D.B. / Chen, H. / Halay, E.D. / Hoffman, A. / Roeder, R.G. / Burley, S.K.
履歴
登録1996年4月11日処理サイト: NDB
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*G)-3')
A: PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0223
ポリマ－30,0223
非ポリマー00
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.800, 78.000, 97.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4922.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4873.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))


分子量: 20227.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.5 mMhTBPc-DNA1drop
2200 mM1dropKCl
3250 mMammonium acetate1drop
45 mM1dropMgCl2
55 mM1dropCaCl2
610 mMdithiothreitol1drop
710 %(v/v)glycerol1drop
82 %(v/v)ethylene glycol1drop
940 mMTris-HCl1drop
108-12 %(v/v)glycerol1reservoir
1120 mMdithiothreitol1reservoir
1240 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→18 Å / Num. obs: 28256 / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.227 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 18 Å / % possible obs: 98.6 % / Num. measured all: 214715

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TBP2-DNA COMPLEX

解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 -8.7 %
Rwork0.189 --
obs0.189 26476 88.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1421 650 0 280 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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