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万見
- PDB-1ccd: REFINED STRUCTURE OF RAT CLARA CELL 17 KDA PROTEIN AT 3.0 ANGSTRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ccd
タイトルREFINED STRUCTURE OF RAT CLARA CELL 17 KDA PROTEIN AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CLARA CELL 17 kD PROTEIN
キーワードPHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


polychlorinated biphenyl binding / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / phospholipase A2 inhibitor activity / response to silicon dioxide / response to ozone / response to fibroblast growth factor / negative regulation of type II interferon production / response to glucocorticoid ...polychlorinated biphenyl binding / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / phospholipase A2 inhibitor activity / response to silicon dioxide / response to ozone / response to fibroblast growth factor / negative regulation of type II interferon production / response to glucocorticoid / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / regulation of mRNA stability / response to cytokine / secretory granule / nuclear envelope / regulation of inflammatory response / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Secretoglobin / Uteroglobin / Secretoglobin family 1C-like / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Uteroglobin / Secretoglobin superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Umland, T.C. / Swaminathan, S. / Furey, W. / Singh, G. / Pletcher, J. / Sax, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined structure of rat Clara cell 17 kDa protein at 3.0 A resolution.
著者: Umland, T.C. / Swaminathan, S. / Furey, W. / Singh, G. / Pletcher, J. / Sax, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Study of Rat Clara Cell 10,000 MR Protein
著者: Swaminathan, S. / Furey, W. / Pletcher, J. / Katyal, S. / Singh, G. / Sax, M.
履歴
登録1991年9月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLARA CELL 17 kD PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5722
ポリマ－8,4761
非ポリマー961
水00
1
A: CLARA CELL 17 kD PROTEIN
ヘテロ分子

A: CLARA CELL 17 kD PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1434
ポリマ－16,9512
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3000 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.070, 52.070, 109.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 CLARA CELL 17 kD PROTEIN


分子量: 8475.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
参照: UniProt: P17559
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
構成要素の詳細THE AMINO ACID SEQUENCE OF RAT CLARA CELL 17 KDA PROTEIN IS 55.7 PERCENT IDENTICAL TO THAT OF ...THE AMINO ACID SEQUENCE OF RAT CLARA CELL 17 KDA PROTEIN IS 55.7 PERCENT IDENTICAL TO THAT OF RABBIT UTEROGLOBIN. PRIOR TO THE DETERMINATION OF THE SEQUENCE OF CLARA CELL 17 KDA PROTEIN, IT HAD BEEN REFERRED TO IN THE LITERATURE AS CLARA CELL 10 KDA PROTEIN BASED ON ITS ESTIMATED MOLECULAR WEIGHT. THE AMINO ACID RESIDUES OF RAT CLARA CELL 17 KDA PROTEIN HAVE BEEN NUMBERED SO AS TO EMPHASIZE ITS SEQUENCE HOMOLOGY WITH RABBIT UTEROGLOBIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 mg/mlprotein1drop0.040ml
260 %(w/v)satammonium sulphate1drop0.005ml
310 mMTris-HCl1drop
460 %satammonium sulfate1reservoir
510 mg/mlTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 1733 / % possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 2 / Rmerge F obs: 0.117
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.4 Å / % possible obs: 63.3 % / Num. unique obs: 381 / Num. measured obs: 602

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
GPRLSA精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor obs: 0.225 / 最高解像度: 3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数594 0 5 0 599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0620.045
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.040.035
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2840.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2160.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2480.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.65
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor26.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor32.215
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 1661 / Rfactor obs: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 7.23 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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