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- PDB-1cc5: CRYSTAL STRUCTURE OF AZOTOBACTER CYTOCHROME C5 AT 2.5 ANGSTROMS R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cc5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AZOTOBACTER CYTOCHROME C5 AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CYTOCHROME C5
キーワードELECTRON TRANSPORT (HEME PROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IE / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c5
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stout, C.D. / Carter, D.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystal structure of Azotobacter cytochrome c5 at 2.5 A resolution.
著者: Carter, D.C. / Melis, K.A. / O'Donnell, S.E. / Burgess, B.K. / Furey Jr., W.R. / Wang, B.C. / Stout, C.D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Preliminary Crystallographic Data for Azotobacter Cytochrome C5
著者: Stout, C.D.
履歴
登録1984年8月10日処理サイト: BNL
改定 1.01984年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8052
ポリマ－8,1881
非ポリマー6161
水00
1
A: CYTOCHROME C5
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6094
ポリマ－16,3762
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)45.730, 37.560, 42.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細IN THIS SPACE GROUP, THE CYTOCHROME MOLECULE OCCUPIES A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY SITE. TO GENERATE THE DIMER THE FOLLOWING TRANSFORMATION SHOULD BE APPLIED TO THE COORDINATES GIVEN BELOW -1.0 0.0 0.0 -.36325 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 .93169 IN THE FRACTIONAL COORDINATE FRAME THE SYMMETRY TRANSFORMATION IS GIVEN BY -1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -1.0 1.0

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C5


分子量: 8188.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
参照: UniProt: P11732
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
20.4 Mpotassium phosphate1drop
31.2 Mammonium sulfate1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 11526

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解析

精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.29 -
obs-1938
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数568 0 43 0 611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 10.1 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_planar_d / Dev ideal: 0.019
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.7 Å / Num. reflection obs: 336 / Rfactor obs: 0.258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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