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- PDB-1cb0: STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cb0
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE AT 1.7 A RESOLUTION
要素PROTEIN (5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE)
キーワードTRANSFERASE / METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / PURINE SALVAGE / ADENINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation ...Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleobase-containing compound metabolic process / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / methylation / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Appleby, T.C. / Erion, M.D. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase at 1.7 A resolution provides insights into substrate binding and catalysis.
著者: Appleby, T.C. / Erion, M.D. / Ealick, S.E.
履歴
登録1999年2月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4122
ポリマ－31,2771
非ポリマー1351
水3,117173
1
A: PROTEIN (5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2376
ポリマ－93,8313
非ポリマー4053
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area29850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.760, 120.760, 44.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-361-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE) / E.C.2.4.2.28 / MTA PHOSPHORYLASE / MTAP


分子量: 31277.053 Da / 分子数: 1 / 変異: ILE56VAL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLACENTA
解説: MTAP CDNA WAS ISOLATED FROM A HUMAN PLACENTA CDNA LIBRARY AND EXPRESSED IN E. COLI
細胞内の位置: CYTOPLASM / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13126, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ETHYLENE GLYCOL11
2PEG 600011
3TRIS BUFFER11
4DTT11
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %PEG80001drop
20.1 MHEPES1drop
38 %ethylene glycol1drop
412 %(w/v)PEG60001reservoir
525 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
6200 mMTris-HCl1reservoir
72 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 39479 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.078 / % possible all: 83.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 276082 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADSYS位相決定
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.843精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 282 AND 283 WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAPS DUE TO DISORDER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3806 10 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs-38017 92.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 10 173 2249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.258
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 425 10.2 %
Rwork0.243 3733 -
obs--82.3 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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