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- PDB-1ca1: ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ca1
タイトルALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
要素ALPHA-TOXIN
キーワードHYDROLASE / ZINC PHOSPHOLIPASE C / GANGRENE DETERMINANT / C2 DOMAIN / CA AND MEMBRANE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase C activity / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / hemolysis in another organism / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain ...Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phospholipase C / Phospholipase C
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, 分子置換, CROSS-CRYSTAL AVERAGING / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Naylor, C.E. / Basak, A.K. / Titball, R.W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the key toxin in gas gangrene.
著者: Naylor, C.E. / Eaton, J.T. / Howells, A. / Justin, N. / Moss, D.S. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Alpha-Toxin from Two Different Strains (Nctc8237 and Cer89L43) of Clostridium Perfringens
著者: Basak, A.K. / Howells, A. / Eaton, J.T. / Moss, D.S. / Naylor, C.E. / Miller, J. / Titball, R.W.
履歴
登録1998年4月22日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,03014
ポリマ－42,6161
非ポリマー1,41413
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ALPHA-TOXIN
ヘテロ分子

A: ALPHA-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,06028
ポリマ－85,2322
非ポリマー2,82926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5100 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area29140 Å2
手法PISA, PQS
3
A: ALPHA-TOXIN
ヘテロ分子

A: ALPHA-TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,06028
ポリマ－85,2322
非ポリマー2,82926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area3200 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area31050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.300, 177.300, 79.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-381-

CD

21A-382-

CD

31A-407-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-TOXIN / PHOSPHOLIPASE C


分子量: 42615.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: CER89L43 / 遺伝子: CPA / プラスミド: PUC18 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASMIC / 遺伝子 (発現宿主): CPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P15310, UniProt: P0C216*PLUS, phospholipase C
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: EARLIER MODEL WILL BE DEPOSITED AFTER FULL REFINEMENT. SIR CARRIED OUT ON ALTERNATE CRYSTAL FORM WHICH WILL ALSO BE DEPOSITED IN NEAR FUTURE.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.05 M1dropCdSO4
20.1 MNa-HEPES1drop
31 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL OR NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 30175 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.26 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 73.8
反射
*PLUS
% possible obs: 91 % / Num. measured all: 202958

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, 分子置換, CROSS-CRYSTAL AVERAGING
開始モデル: INCOMPLETE EARLIER CHAIN TRACE OF ALTERNATE STRAIN

解像度: 1.9→25 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED B-F / 交差検証法: USED THROUGHOUT REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1636 5.4 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 30150 87.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 25 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3009 0 13 173 3195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.117
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.625
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.7883
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it0.7624
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it0.7883
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it0.7624
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 147 5.8 %
Rwork0.323 2379 -
obs--73.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLPARAM19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONPARAM19.ION
X-RAY DIFFRACTION4PARAM_ALPHA_SUBMISSION.CDTOP_ALPHA_SUBMISSION.CD
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.262
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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