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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c91 | ||||||
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タイトル | Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132D | ||||||
要素 | ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H | ||||||
キーワード | HYDROLASE / (BETA/ALPHA)8-BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces plicatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Rao, V. / Cui, T. / Guan, C. / Van Roey, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Mutations of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H active site residues Asp130 and Glu132: activities and conformations. 著者: Rao, V. / Cui, T. / Guan, C. / Van Roey, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c91.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c91.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c91.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c91_validation.pdf.gz | 413.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c91_full_validation.pdf.gz | 416.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1c91_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c91_validation.cif.gz | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/1c91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/1c91 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28511.385 Da / 分子数: 1 / 変異: E132D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces plicatus (バクテリア) プラスミド: PMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P04067, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 51775 / Num. obs: 17227 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 1.89 % / Num. measured all: 51775 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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