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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8x | ||||||
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タイトル | Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130E Mutant | ||||||
![]() | ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H | ||||||
![]() | HYDROLASE / (ALPHA/BETA)8-BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Rao, V. / Tao, C. / Guan, C. / Van Roey, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutations of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H active site residues Asp130 and Glu132: activities and conformations. 著者: Rao, V. / Cui, T. / Guan, C. / Van Roey, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 399.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 404.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28539.439 Da / 分子数: 1 / 変異: D130E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PMAL / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04067, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 30% PEG1000, 100 MM CACODYLATE, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 47618 / Num. obs: 14192 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 92.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.09 % / Num. measured all: 47618 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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