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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8w | ||||||
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タイトル | THR45GLY VARIANT OF RIBONUCLEASE A | ||||||
![]() | PROTEIN (Ribonuclease A) | ||||||
![]() | HYDROLASE / ANTI-PARALLEL BETA SHEET / RNASE A | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kelemen, B.R. / Sweeney, R.T. / Schultz, L.W. / Raines, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Excavating an active site: the nucleobase specificity of ribonuclease A. 著者: Kelemen, B.R. / Schultz, L.W. / Sweeney, R.Y. / Raines, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 376.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 378.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13664.273 Da / 分子数: 1 / 断片: RNASE A / 変異: T45G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Ammonium sulfate, sodium chloride, sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 275 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 18836 / Num. obs: 18761 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0.33 / Observed criterion σ(I): 0.33 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Num. unique all: 18761 / % possible all: 87 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 32164 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→30 Å / σ(F): 0.33 / σ(I): 0.33
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溶媒の処理 | Bsol: 265.25 Å2 / ksol: 0.90215 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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