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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8u | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI THIOESTERASE II, A HOMOLOGUE OF THE HUMAN NEF-BINDING ENZYME | ||||||
![]() | ACYL-COA THIOESTERASE II | ||||||
![]() | HYDROLASE / INTERNAL REPEATS | ||||||
機能・相同性 | ![]() acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / fatty acid catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Derewenda, Z.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli thioesterase II, a homolog of the human Nef binding enzyme. 著者: Li, J. / Derewenda, U. / Dauter, Z. / Smith, S. / Derewenda, Z.S. #1: ![]() タイトル: Crystallization of Thioesterase II from Escherichia Coli 著者: Swenson, L. / Green, R. / Smith, S. / Derewenda, Z.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31873.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P23911, UniProt: P0AGG2*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NACL, NAOAC, LDAO, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9096 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 74901 / Num. obs: 74732 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / % possible all: 99.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 74901 / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 353158 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |