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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8s | ||||||
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タイトル | BACTERIORHODOPSIN D96N LATE M STATE INTERMEDIATE | ||||||
![]() | BACTERIORHODOPSIN ("M" STATE INTERMEDIATE) | ||||||
![]() | ION TRANSPORT / ION PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA / D96N M INTERMEDIATE / MEROHEDRAL TWINNING | ||||||
機能・相同性 | ![]() light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luecke, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural changes in bacteriorhodopsin during ion transport at 2 angstrom resolution. 著者: Luecke, H. / Schobert, B. / Richter, H.T. / Cartailler, J.P. / Lanyi, J.K. #1: ![]() タイトル: Structure of Bacteriorhodopsin at 1.55 Angstrom Resolution 著者: Luecke, H. / Schobert, B. / Richter, H.-T. / Cartailler, J.-P. / Lanyi, J.K. #2: ![]() タイトル: Proton Transfer Pathways in Bacteriorhodopsin at 2.3 Angstrom Resolution 著者: Luecke, H. / Richter, H.-T. / Lanyi, J.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21369.309 Da / 分子数: 1 / 変異: D96N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SCHIFF BASE LINKAGE BETWEEN LYS 216 (NZ) AND RET 301 (C15) DIETHER LIPID BILAYER 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-LI1 / #3: 化合物 | ChemComp-SQU / | #4: 化合物 | ChemComp-RET / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: cubic lipid phase / pH: 5.6 詳細: MO:WATER:PHOSPHATE, pH 5.6, CUBIC LIPID PHASE, temperature 296K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: other / 詳細: Gabriele, R., (1998) J. Struct. Biol., 121, 82. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 14622 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19.2 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.1 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 110517 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS 開始モデル: PDB ENTRY 1C3W 解像度: 2→12 Å / Num. parameters: 7288 / Num. restraintsaints: 7357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: MEROHEDRAL TWINNING RATIO OF 53:47
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: SHELXL-97 SWAT, BABINET'S PRINCIPLE | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |