PDB-1c8q: STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT OF THE RECOMBINANT HUMAN SALIVA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c8q

タイトル

STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT OF THE RECOMBINANT HUMAN SALIVARY AMYLASE

要素

ALPHA-AMYLASE

キーワード

HYDROLASE / beta barrel / recombinant amylase / human saliva

機能・相同性

機能・相同性情報

Digestion of dietary carbohydrate / oligosaccharide metabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / MOLECULARE REPLACEMENT / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ramasubbu, N. / Sekar, K. / Velmurugan, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure solution and refinment of recombinant human salivary amylase
著者: Ramasubbu, N. / Sekar, K. / Velmurugan, D.

履歴

登録	2000年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年8月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c8q.cif.gz	115.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c8q.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1c8q_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1c8q_full_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示
XML形式データ	1c8q_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	1c8q_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1smdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u33-d 3cpu-d 3bay-d 3bax-d 1nm9-d 4x9y-d 2cpu-d 1z32-d 3ij7-d 1pif-d 1smd-d 4w93-d 1kb3-d 3baw-d 4gqq-d 3bak-d 1jfh-d 1u2y-d 1b2y-d 1jxk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (12) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (12)

登録構造単位

A: ALPHA-AMYLASE

ヘテロ分子

56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.707, 74.768, 133.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ALPHA-AMYLASE 分子量: 55955.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: SALIVA / 器官: SALIVARY GLAND / プラスミド: PVL1392 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P04745, UniProt: P0DTE8*PLUS, alpha-amylase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10 mM Tris- HCL containing 5 mM CaCl2, 44% MPD, protein concentration 20 mg/ml, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 195 K / Ambient temp details: liquid nitrogen temperature
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30708 / Num. obs: 30708 / R_merge(I) obs: 0.083
反射シェル	解像度: 2.3→9.99 Å / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法: MOLECULARE REPLACEMENT
開始モデル: 1SMD

1smd

解像度: 2.3→9.99 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1034	-	random
R_work	0.173	-	-	-
all	-	23457	-	-
obs	-	21435	90 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→9.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3946	0	2	267	4215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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