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- PDB-1c7y: E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c7y
タイトルE.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DAP*DAP*DCP*DTP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(P*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(P*DCP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DGP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
  • HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
キーワードRECOMBINATION/DNA / helix-hairpin-helix / protein-DNA complex / homologous recombination / Holliday junction / RECOMBINATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / recombinational repair / SOS response / four-way junction DNA binding / response to radiation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / Ubiquitin-associated (UBA) domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 ...Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / Ubiquitin-associated (UBA) domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ariyoshi, M. / Nishino, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the holliday junction DNA in complex with a single RuvA tetramer.
著者: Ariyoshi, M. / Nishino, T. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Morikawa, K.
履歴
登録2000年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
C: DNA (5'-D(P*DCP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DGP*DA)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DA)-3')
F: DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
G: DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
H: DNA (5'-D(P*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DT)-3')
I: DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DAP*DAP*DCP*DTP*DT)-3')
A: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6459
ポリマ－52,6459
非ポリマー00
水00
1
B: DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
C: DNA (5'-D(P*DCP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DGP*DA)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DA)-3')
F: DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
G: DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
H: DNA (5'-D(P*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DT)-3')
I: DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DAP*DAP*DCP*DTP*DT)-3')
A: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

B: DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
C: DNA (5'-D(P*DCP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DGP*DA)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DA)-3')
F: DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
G: DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
H: DNA (5'-D(P*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DT)-3')
I: DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DAP*DAP*DCP*DTP*DT)-3')
A: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

B: DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
C: DNA (5'-D(P*DCP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DGP*DA)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DA)-3')
F: DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
G: DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
H: DNA (5'-D(P*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DT)-3')
I: DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DAP*DAP*DCP*DTP*DT)-3')
A: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

B: DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')
C: DNA (5'-D(P*DCP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DGP*DA)-3')
E: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DA)-3')
F: DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
G: DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')
H: DNA (5'-D(P*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DT)-3')
I: DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DAP*DAP*DCP*DTP*DT)-3')
A: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,57936
ポリマ－210,57936
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.65, 158.65, 158.65
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number211
Cell settingcubic
Space group name H-MI432

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要素

-
DNA鎖 , 8種, 8分子 BCDEFGHI

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DT)-3')


分子量: 4061.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DCP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DC)-3')


分子量: 3693.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DCP*DTP*DTP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DGP*DA)-3')


分子量: 3944.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DTP*DGP*DAP*DA)-3')


分子量: 3782.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')


分子量: 3855.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DCP*DAP*DTP*DTP*DCP*DG)-3')


分子量: 3631.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DCP*DGP*DAP*DAP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DGP*DTP*DCP*DT)-3')


分子量: 3997.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#8: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DAP*DAP*DCP*DTP*DT)-3')


分子量: 3566.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#9: タンパク質 HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA


分子量: 22111.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A809

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, glycerol, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2glycerol11
3NaCl11
4(NH4)2SO411
5glycerol12
6NaCl12
7(NH4)2SO412
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MMes/NaOH1reservoir
22.0-2.2 Mammonium sulfate1reservoir
35 %glycerol1reservoir
41
51
61
71

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→80 Å / Num. all: 7136 / Num. obs: 7136 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 47
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.275 / Num. unique all: 691 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 143269
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 3.1→45.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 3475770.71 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 631 9.7 %random
Rwork0.249 ---
obs0.25 6491 99.9 %-
all-6491 --
溶媒の処理Bsol: 88.2948 Å2 / ksol: 0.425315 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.38 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1527 2038 0 0 3565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.21
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 86 10.9 %
Rwork0.337 705 -
obs--100 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.21

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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