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- PDB-1c7n: CRYSTAL STRUCTURE OF CYSTALYSIN FROM TREPONEMA DENTICOLA CONTAINS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c7n
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CYSTALYSIN FROM TREPONEMA DENTICOLA CONTAINS A PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE COFACTOR
要素CYSTALYSIN
キーワードTRANSFERASE / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-S-conjugate beta-lyase / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / cysteine-S-conjugate beta-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Krupka, H.I. / Huber, R. / Holt, S.C. / Clausen, T.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of cystalysin from Treponema denticola: a pyridoxal 5'-phosphate-dependent protein acting as a haemolytic enzyme.
著者: Krupka, H.I. / Huber, R. / Holt, S.C. / Clausen, T.
履歴
登録2000年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTALYSIN
B: CYSTALYSIN
C: CYSTALYSIN
D: CYSTALYSIN
E: CYSTALYSIN
F: CYSTALYSIN
G: CYSTALYSIN
H: CYSTALYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,20516
ポリマ－370,2288
非ポリマー1,9778
水47,3072626
1
A: CYSTALYSIN
B: CYSTALYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0514
ポリマ－92,5572
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
2
C: CYSTALYSIN
D: CYSTALYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0514
ポリマ－92,5572
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area29570 Å2
手法PISA
3
E: CYSTALYSIN
F: CYSTALYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0514
ポリマ－92,5572
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
4
G: CYSTALYSIN
H: CYSTALYSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0514
ポリマ－92,5572
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area29650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.470, 108.440, 176.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
CYSTALYSIN


分子量: 46278.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
プラスミド: PLC67 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56257
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, magnesium acetate, MES, pH 6.5, vapor diffusion/sitting drop, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG40001reservoir
30.2 Mmagnesium acetate1reservoir
4100 mMMES-NaOH1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.07
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 382434 / Num. obs: 254989 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Num. unique all: 12280 / % possible all: 87.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 382434
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.9 %

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解析

精密化解像度: 1.9→25 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 12710 -RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.231 264244 --
obs0.215 254953 96.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25656 0 120 2626 28402
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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