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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c76 | ||||||
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タイトル | STAPHYLOKINASE (SAK) MONOMER | ||||||
![]() | STAPHYLOKINASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / BETA-GRASP FAMILY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Rao, Z. / Jiang, F. / Liu, Y. / Zhang, X. / Chen, Y. / Bartlam, M. / Song, H. / Ding, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Staphylokinase Dimer Offers New Clue to Reduction of Immunogenicity 著者: Rao, Z. / Jiang, F. / Liu, Y. / Zhang, X. / Chen, Y. / Bartlam, M. / Song, H. / Ding, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | It is proposed in the primary citation that the biological unit is a "head-to-tail" dimer (pdb entry 1c77). Two other dimers have been considered, with alpha helices at the interface (1c78) and beta sheets at the interface (1c79) respectively. However, the "head-to-tail" dimer interface allows for the formation of strong hydrophobic interactions as well as hydrogen bonds and is more stable than the other two forms. The authors have experimental evidence from site direct mutagenesis which supports their proposition. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15487.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, pH 8.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 6589 / Num. obs: 6589 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.35 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Num. unique all: 803 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.25→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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