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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c6a | ||||||
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タイトル | T4 LYSOZYME MUTANT C54T/C97A/L133A IN THE PRESENCE OF 8 ATM KRYPTON | ||||||
![]() | PROTEIN (LYSOZYME) | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / NOBLE GAS BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Quillin, M.L. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme. 著者: Quillin, M.L. / Breyer, W.A. / Griswold, I.J. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Response of a Protein Structure to Cavity-Creating Mutations and its Relation to the Hydrophobic Effect 著者: Eriksson, A.E. / Baase, W.A. / Zhang, X.-J. / Heinz, D.W. / Blaber, M. / Baldwin, E.P. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1c60C ![]() 1c61C ![]() 1c62C ![]() 1c63C ![]() 1c64C ![]() 1c65C ![]() 1c66C ![]() 1c67C ![]() 1c68C ![]() 1c69C ![]() 1c6bC ![]() 1c6cC ![]() 1c6dC ![]() 1c6eC ![]() 1c6fC ![]() 1c6gC ![]() 1c6hC ![]() 1c6iC ![]() 1c6jC ![]() 1c6kC ![]() 1c6lC ![]() 1c6mC ![]() 1c6nC ![]() 1c6pC ![]() 1c6qC ![]() 1c6tC ![]() 1l69S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18620.387 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: GENE E / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BME / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: 1.8-2.2 M NAH2/K2HPO4, PH 6.9-7.1, 50 MM BETA-MERCAPTOETHANOL AND/OR 50 MM HYDROXYETHYL DISULFIDE PH範囲: 6.9-7 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月9日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→60 Å / Num. obs: 12780 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.35 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.247 / % possible all: 99.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1L69 解像度: 2.1→60 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER / Bsol: 384.8 Å2 / ksol: 0.949 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→60 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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