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- PDB-1c44: STEROL CARRIER PROTEIN 2 (SCP2) FROM RABBIT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c44
タイトルSTEROL CARRIER PROTEIN 2 (SCP2) FROM RABBIT
要素PROTEIN (STEROL CARRIER PROTEIN 2)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / STEROL CARRIER PROTEIN / NON SPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN / FATTY ACID BINDING / FATTY ACYL COA BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


propanoyl-CoA C-acyltransferase activity / propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity / acetyl-CoA C-myristoyltransferase / acetyl-CoA C-myristoyltransferase activity / propanoyl-CoA C-acyltransferase / phosphatidylcholine transfer activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / intracellular cholesterol transport / regulation of phospholipid biosynthetic process ...propanoyl-CoA C-acyltransferase activity / propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity / acetyl-CoA C-myristoyltransferase / acetyl-CoA C-myristoyltransferase activity / propanoyl-CoA C-acyltransferase / phosphatidylcholine transfer activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / intracellular cholesterol transport / regulation of phospholipid biosynthetic process / bile acid metabolic process / cholesterol transfer activity / lipid transport / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome / lipid binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Thiolase C-terminal domain-like / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site ...: / Thiolase C-terminal domain-like / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol carrier protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Choinowski, T. / Hauser, H. / Piontek, K.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structure of sterol carrier protein 2 at 1.8 A resolution reveals a hydrophobic tunnel suitable for lipid binding.
著者: Choinowski, T. / Hauser, H. / Piontek, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and initial X-ray analysis of rabbit mature sterol carrier protein 2
著者: Choinowski, T. / Dyer, J.H. / Maderegger, B. / Winterhalter, K.P. / Hauser, H. / Piontek, K.
履歴
登録1999年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (STEROL CARRIER PROTEIN 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2111
ポリマ－13,2111
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.486, 57.486, 86.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-124-

HOH

21A-125-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (STEROL CARRIER PROTEIN 2) / NON SPECIFIC LIPID BINDING PROTEIN


分子量: 13211.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: LIVER / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O62742
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: AMMONIUM SULFATE, LITHIUM SULFATE, CITRATE PH=6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
32.0 Mammonium sulfate1reservoir
4300 mMlithium sulfate1reservoir
5100 mMcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8345
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→18 Å / Num. obs: 14102 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 4.9 / Net I/σ(I): 35.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 36.2 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 104415 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2 / ESU R: 0.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 693 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs-13993 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数965 0 0 140 1105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.8682
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.6913
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.432
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.0043
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1460.14
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1970.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3010.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1990.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.65
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.210
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor1715
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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