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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c3p | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN HDAC HOMOLOG FROM AQUIFEX AEOLICUS | ||||||
要素 | PROTEIN (HDLP (HISTONE DEACETYLASE-LIKE PROTEIN)) | ||||||
キーワード | LYASE / ALPHA/BETA FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetoin catabolic process / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Finnin, M.S. / Donigian, J.R. / Pavletich, N.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structures of a histone deacetylase homologue bound to the TSA and SAHA inhibitors. 著者: Finnin, M.S. / Donigian, J.R. / Cohen, A. / Richon, V.M. / Rifkind, R.A. / Marks, P.A. / Breslow, R. / Pavletich, N.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c3p.cif.gz | 88 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c3p.ent.gz | 67.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/1c3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/1c3p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42733.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: PGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67135 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: PEG 1500, SODIUM CHLORIDE, ISOPROPANOL, TRIS-HCL, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 134952 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.029 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 32143 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4 % / Num. measured all: 134952 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.24 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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