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- PDB-1c3a: CRYSTAL STRUCTURE OF FLAVOCETIN-A FROM THE HABU SNAKE VENOM, A NO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c3a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FLAVOCETIN-A FROM THE HABU SNAKE VENOM, A NOVEL CYCLIC TETRAMER OF C-TYPE LECTIN-LIKE HETERODIMERS
要素
  • FLAVOCETIN-A: ALPHA SUBUNIT
  • FLAVOCETIN-A: BETA SUBUNIT
キーワードMEMBRANE PROTEIN / C-TYPE LECTIN-LIKE DOMAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec flavocetin-A subunit alpha / Snaclec flavocetin-A subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fukuda, K. / Mizuno, H. / Atoda, H. / Morita, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of flavocetin-A, a platelet glycoprotein Ib-binding protein, reveals a novel cyclic tetramer of C-type lectin-like heterodimers.
著者: Fukuda, K. / Mizuno, H. / Atoda, H. / Morita, T.
履歴
登録1999年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVOCETIN-A: ALPHA SUBUNIT
B: FLAVOCETIN-A: BETA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2312
ポリマ－30,2312
非ポリマー00
水1,67593
1
A: FLAVOCETIN-A: ALPHA SUBUNIT
B: FLAVOCETIN-A: BETA SUBUNIT

A: FLAVOCETIN-A: ALPHA SUBUNIT
B: FLAVOCETIN-A: BETA SUBUNIT

A: FLAVOCETIN-A: ALPHA SUBUNIT
B: FLAVOCETIN-A: BETA SUBUNIT

A: FLAVOCETIN-A: ALPHA SUBUNIT
B: FLAVOCETIN-A: BETA SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,9238
ポリマ－120,9238
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.510, 120.510, 62.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a tetramer made up of four identical heterodimers related by a crystallographic fourfold symmetry parallel to the c-axis.

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要素

#1: タンパク質 FLAVOCETIN-A: ALPHA SUBUNIT


分子量: 15667.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRIMERESURUS FLAVOVIRIDIS / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / 参照: UniProt: Q8AV97
#2: タンパク質 FLAVOCETIN-A: BETA SUBUNIT


分子量: 14563.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRIMERESURUS FLAVOVIRIDIS / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / 参照: UniProt: Q8AV98
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2-methyl-2,4-pentanediol, calcium chloride, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 67 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 %(v/v)MPD1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
310 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→85 Å / Num. all: 15775 / Num. obs: 15078 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.377 / Num. unique all: 1467 / % possible all: 74.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.5→6 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 555 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 11391 74.3 %-
all-13893 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 0 93 2217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 -5 %
Rwork0.329 553 -
obs--30.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19X.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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