PDB-1c0v: SUBUNIT C OF THE F1FO ATP SYNTHASE OF ESCHERICHIA COLI; NMR, 10 S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c0v

タイトル

SUBUNIT C OF THE F1FO ATP SYNTHASE OF ESCHERICHIA COLI; NMR, 10 STRUCTURES

要素

PROTEIN (F1FO ATPASE SUBUNIT C)

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / HYDROGEN ION TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Girvin, M.E. / Rastogi, V.K. / Abildgaard, F. / Markley, J.L. / Fillingame, R.H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the transmembrane H+-transporting subunit c of the F1F0 ATP synthase.
著者: Girvin, M.E. / Rastogi, V.K. / Abildgaard, F. / Markley, J.L. / Fillingame, R.H.

履歴

登録	1999年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c0v.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c0v.ent.gz	196.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1c0v_validation.pdf.gz	340.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1c0v_full_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示
XML形式データ	1c0v_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	1c0v_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a91C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h00-2 2keh-d 1l6t-d 1a91-d 2e5u-d 1wco-d 1hj0-d 1goe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (9) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: PROTEIN (F1FO ATPASE SUBUNIT C)

8.26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質	PROTEIN (F1FO ATPASE SUBUNIT C) / PROTEOLIPID / DCCD-BINDING PROTEIN 分子量: 8259.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ER / 細胞内の位置: MEMBRANE / 遺伝子: UNCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER / 参照: UniProt: P68699, EC: 3.6.1.34

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HSQC
1	2	1	TOCSY-HSQC
1	3	1	NOESY-HSQC
1	4	1	HNCO
1	5	1	HNCA
1	6	1	HN(CO)CA
1	7	1	HN(CA)CB
1	8	1	CBCA(CO)NH
1	9	1	H (CCO)NH
1	10	1	C(CO)NH
1	11	1	HCACO
1	12	1	AND HNCA-J

-
試料調製

詳細	内容: 4:4:1
試料状態	pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX500	Bruker	DMX500	500	1
Bruker DRX600	Bruker	DRX600	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
NMRPipe		構造決定
DYANA		構造決定
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING, WITH NOE, TORSION ANGLE, AND HYDROGEN BOND NMR-DERIVED CONSTRAINTS. STARTING AT 750K AND COOLING TO 300K.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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