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- PDB-1c0o: SOLUTION STRUCTURE OF THE P5 HAIRPIN FROM A GROUP I INTRON COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c0o
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE P5 HAIRPIN FROM A GROUP I INTRON COMPLEXED WITH COBALT (III) HEXAMMINE, NMR, 19 CONVERGED STRUCTURES
要素RNA (5'-R(*GP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
キーワードRNA / RIBONUCLEIC ACID / COBALT (III) HEXAMMINE / METAL BINDING / RNA STRUCTURE
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Colmenarejo, G. / Tinoco Jr., I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure and thermodynamics of metal binding in the P5 helix of a group I intron ribozyme.
著者: Colmenarejo, G. / Tinoco Jr., I.
履歴
登録1999年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*GP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6332
ポリマ－4,4721
非ポリマー1611
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 40NOE ENERGY (LEAST RESTRAINT VIOLATIONS), DIHEDRAL ENERGY (LEAST RESTRAINT VIOLATIONS), TOTAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*GP*UP*CP*C)-3')


分子量: 4471.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CLOSED BY A UUCG TETRALOOP; COBALT (III) HEXAMMINE BINDS AT THE MAJOR GROOVE OF TWO TANDEM G-U WOBBLE PAIRS IN 5'-GU-3' ORIENTATION
由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物)
解説: SYNTHESIZED ENZYMATICALLY IN-VITRO USING T7 RNA POLYMERASE
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121D2O NOESY
131H2O NOESY
141TOCSY
15113C-1H HMQC
16131P-1H HETCOR
17131P-1H TOCSY
18131P-1H TOCSY-NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A NON-ISOTOPICALLY LABELLED RNA SAMPLE. ALL 13C EXPERIMENTS WERE DONE USING NATURAL ABUNDANCE. COBALT (III) HEXAMMINE WAS LOCATED USING DOCKING WITH 7 ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A NON-ISOTOPICALLY LABELLED RNA SAMPLE. ALL 13C EXPERIMENTS WERE DONE USING NATURAL ABUNDANCE. COBALT (III) HEXAMMINE WAS LOCATED USING DOCKING WITH 7 INTERMOLECULAR NOES OBSERVED IN 2D WATER NOESY EXPERIMENTS.

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試料調製

詳細内容: PHOSPHATE BUFFER, EDTA
試料状態イオン強度: 100 mM NACL / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX600BrukerAMX6005001
Bruker DRX500BrukerDRX5006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
FELIX95構造決定
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NOE ENERGY (LEAST RESTRAINT VIOLATIONS), DIHEDRAL ENERGY (LEAST RESTRAINT VIOLATIONS), TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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