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- PDB-1c09: RUBREDOXIN V44A CP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c09
タイトルRUBREDOXIN V44A CP
要素RUBREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Min, T. / Beard, B. / Kang, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Modulation of the redox potential of the [Fe(SCys)(4)] site in rubredoxin by the orientation of a peptide dipole.
著者: Eidsness, M.K. / Burden, A.E. / Richie, K.A. / Kurtz Jr., D.M. / Scott, R.A. / Smith, E.T. / Ichiye, T. / Beard, B. / Min, T. / Kang, C.
履歴
登録1999年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUBREDOXIN
B: RUBREDOXIN
C: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2386
ポリマ－18,0713
非ポリマー1683
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.348, 57.42, 38.503
Angle α, β, γ (deg.)90, 112.736, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RUBREDOXIN / RD


分子量: 6023.558 Da / 分子数: 3 / 変異: V44A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Clostridium pasteurianum (バクテリア) / 参照: UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 281 K / pH: 4.5
詳細: 0.1M Na acetate pH 4.5, 2M ammonium sulfate, temperature 281K
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
20.05 Msodium acetate1drop
30.1 Msodium acetate1reservoir
42.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 281 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→10 Å / Num. all: 73641 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / % possible all: 76.3
反射
*PLUS
Num. obs: 18892 / Num. measured all: 73641

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.6→10 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.176 --
obs-17730 93.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 3 158 1391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル最高解像度: 1.6 Å / % reflection obs: 76.3 % / Redundancy reflection obs: 4
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.176 / Rfactor Rfree: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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