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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bzo | ||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PROKARYOTIC CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE FROM P.LEIOGNATHI, SOLVED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. | ||||||
![]() | PROTEIN (SUPEROXIDE DISMUTASE) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MONOMERIC CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / PROTEIN-SUBUNIT RECOGNITION / PROTEIN ELECTROSTATIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / periplasmic space / copper ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bordo, D. / Matak, D. / Djinovic-Carugo, K. / Rosano, C. / Pesce, A. / Bolognesi, M. / Stroppolo, M.E. / Falconi, M. / Battistoni, A. / Desideri, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolutionary constraints for dimer formation in prokaryotic Cu,Zn superoxide dismutase. 著者: Bordo, D. / Matak, D. / Djinovic-Carugo, K. / Rosano, C. / Pesce, A. / Bolognesi, M. / Stroppolo, M.E. / Falconi, M. / Battistoni, A. / Desideri, A. #1: ![]() タイトル: Novel Dimeric Interface and Electrostatic Recognition in Bacterial Cu,Zn Superoxide Dismutase 著者: Bourne, Y. / Redford, S.M. / Steinman, H.M. / Lepock, J.R. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 411.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15813.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 細胞内の位置: PERIPLASMIC SPACE / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CU / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | ACTIVE SITE CATALYTIC ION COORDINATED TO HIS44, HIS46, HIS61 AND HIS118 ACTIVE SITE METAL ION ...ACTIVE SITE CATALYTIC ION COORDINATE | 配列の詳細 | THE PROTEIN USED IS A TRUNCATED FORM, WITHOUT THE FIRST 22 RESIDUES | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4 詳細: PEG 8,000 25%, NACL 100 MM, SODIUM ACETATE 50 MM, PH 4, T=28C | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 64 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 28 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→24.7 Å / Num. obs: 8469 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.09 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PREVIOUS MODEL OF THE PROTEIN IN SPACE GROUP C2 NOT DEPOSITED IN PDB 解像度: 2.1→24.7 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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溶媒の処理 | Bsol: 206 Å2 / ksol: 0.77 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.191 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_planar_d / Dev ideal: 0.01 |