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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bzc | ||||||
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タイトル | HUMAN PTP1B CATALYTIC DOMAIN COMPLEXED WITH TPI | ||||||
要素 | PROTEIN (PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HYDROLASE(PHOSPHORYLATION) / TYROSINE PHOSPHATASE / INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / mitochondrial crista / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Growth hormone receptor signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / negative regulation of MAP kinase activity / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Groves, M.R. / Yao, Z.J. / Jr Burke, T.R. / Barford, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structural basis for inhibition of the protein tyrosine phosphatase 1B by phosphotyrosine peptide mimetics. 著者: Groves, M.R. / Yao, Z.J. / Roller, P.P. / Burke Jr., T.R. / Barford, D. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: The Crystal Structure of Human Protein Tyrosine Phosphatase 1B 著者: Barford, D. / Flint, A.J. / Tonks, N.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bzc.cif.gz | 78.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bzc.ent.gz | 57.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37365.637 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-TPI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.62 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Barfoed, D., (1994) J. Mol. Biol., 239, 726. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→24 Å / Num. obs: 28772 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 33.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.089 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 93.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 18772 / Num. measured all: 65906 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HNP 解像度: 2.35→14 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: VALUES QUOTED FOR PLANAR RESTRAINTS ARE FOR THE AROMATICS. PEPTIDE VALUES ARE RMS=0.0132, SIGMA=0.03.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→14 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 2.48 Å / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor obs: 0.253 |