PDB-1byx: CHIMERIC HYBRID DUPLEX R(GCAGUGGC).R(GCCA)D(CTGC) COMPRISING THE ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1byx

タイトル

CHIMERIC HYBRID DUPLEX R(GCAGUGGC).R(GCCA)D(CTGC) COMPRISING THE TRNA-DNA JUNCTION FORMED DURING INITIATION OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTION

要素

DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*A)-D(P*CP*TP*GP*C)-3')
RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*UP*GP*GP*C)-3')

キーワード

DNA-RNA HYBRID / RNA:RNA-DNA CHIMERIC HYBRID / RNASE H / REVERSE TRANSCRIPTASE / DNA-RNA COMPLEX

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / RNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Szyperski, T. / Goette, M. / Billeter, M. / Perola, E. / Cellai, L.

引用

ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: NMR structure of the chimeric hybrid duplex r(gcaguggc).r(gcca)d(CTGC) comprising the tRNA-DNA junction formed during initiation of HIV-1 reverse transcription.
著者: Szyperski, T. / Gotte, M. / Billeter, M. / Perola, E. / Cellai, L. / Heumann, H. / Wuthrich, K.

履歴

登録	1998年10月20日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1byx.cif.gz	205.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1byx.ent.gz	168.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1byx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1byx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1byx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bz3-d 2kpd-d 2n5p-d 1xwu-d 173d-2 6xww-d 5ki5-d 2vai-d 2mnc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*GP*UP*GP*GP*C)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*GP*CP*CP*A)-D(P*CP*TP*GP*C)-3')

5.03 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	DYANA TARGET FUNCTION
代表モデル

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPCPAPGPUPGPGPC)-3') 分子量: 2581.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE RNA:RNA-DNA CHIMERIC HYBRID DUPLEX WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED FROM THE HUMAN IMMUNODIFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1). THE DUPLEX IS FORMED DURING THE INITIATION OF (-)DNA STRAND SYNTHESIS IN HIV-1 REPLICATION.
#2: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(GPCPCPA)-D(PCPTPGPC)-3') 分子量: 2451.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHIMERIC HYBRID RNA/RNA-DNA DUPLEX

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	E H-P HETCOR
1	5	1	H-C COSY

NMR実験の詳細

Text: THE 20 STRUCTURES ARE ENERGY-MINIMIZED WITH THE AMBER FORCE FIELD USING THE PROGRAM OPAL

-
試料調製

試料状態	pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	600	2
Varian UNITY	Varian	UNITY	750	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DYANA	GUNTERT,WUTHRICH	精密化
DYANA		構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS ARE DESCRIBED IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: DYANA TARGET FUNCTION / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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