PDB-1byv: GLYCOSYLATED EEL CALCITONIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1byv

タイトル

GLYCOSYLATED EEL CALCITONIN

要素

PROTEIN (CALCITONIN)

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / HOROMONE / CALCIUM-REGULATOR / OSTEOPOROSIS / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anguilla japonica (ウナギ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Hashimoto, Y. / Toma, K. / Nishikido, J. / Yamamoto, K. / Haneda, K. / Inazu, T. / Valentine, K.G. / Opella, S.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Effects of glycosylation on the structure and dynamics of eel calcitonin in micelles and lipid bilayers determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
著者: Hashimoto, Y. / Toma, K. / Nishikido, J. / Yamamoto, K. / Haneda, K. / Inazu, T. / Valentine, K.G. / Opella, S.J.

履歴

登録	1998年10月16日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1998年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1byv.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1byv.ent.gz	86.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1byv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1byv_validation.pdf.gz	368.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1byv_full_validation.pdf.gz	383.8 KB	表示
XML形式データ	1byv_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	1byv_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1byv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/1byv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bkuC 1bzbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c3h-d 1piq-d 2hfr-d 1d0r-d 2rmi-d 2wq0-d 1bde-d 2mvj-d 6yhi-d 6hka-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (CALCITONIN)

ヘテロ分子

3.64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド

PROTEIN (CALCITONIN)

分子量: 3419.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SYNTHETICALLY GLYCOLYLATED AT ASN3 / 由来: (天然)

Anguilla japonica (ウナギ) / 参照: UniProt: P01262

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A SERIES OF 2D NRM SPECTROSCOPY ON UNLABLED SAMPLE. SODIUM DODECYL SULFATE (SDS) WAS ADDED TO THE NMR SAMPLE AT A SDS/ PEPTIDE MOLAR RATIO OF 100/1.

-
試料調製

試料状態	pH: 4.5 / 温度: 308 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX750 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX750 / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DGII	HAVEL	精密化
Felix		構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: VIOLATION / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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