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- PDB-1bym: SOLUTION STRUCTURES OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF DIPHTHERIA TOXIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bym
タイトルSOLUTION STRUCTURES OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR
要素PROTEIN (DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR)
キーワードGENE REGULATION / REPRESSOR / DTXR / C-TERMINAL DOMAIN / PROKARYOTIC SH3 DOMAIN / TRANSCRIPTION REGULATION / PEPTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / SH3 domain binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain ...: / Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Transcriptional repressor, C-terminal / SH3 type barrels. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diphtheria toxin repressor / Diphtheria toxin repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS
データ登録者Wang, G. / Wylie, G.P. / Twigg, P.D. / Caspar, D.L.D. / Murphy, J.R. / Logan, T.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Solution structure and peptide binding studies of the C-terminal src homology 3-like domain of the diphtheria toxin repressor protein.
著者: Wang, G. / Wylie, G.P. / Twigg, P.D. / Caspar, D.L. / Murphy, J.R. / Logan, T.M.
履歴
登録1998年10月17日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6101
ポリマ－10,6101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100NO NOE DISTANCE VIOLATION GREATER THAN 0.35 A, NO DIHEDRAL ANGLE RESTRAINT VIOLATION GREATER THAN 5 DEG, RMS DIFFERENCE FOR BOND DEVIATIONS FROM IDEALITY LESS THAN 0.01 A, RMS DIFFERENCE FOR ANGLE DEVIATIONS FROM IDEALITY LESS THAN 2 DEG, LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #20

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR) / DTXR(130-226)


分子量: 10609.798 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 130-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
解説: SWS P33120 / 遺伝子: DTXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS-174 / 参照: UniProt: P33120, UniProt: P0DJL7*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HSQC
121HN(CA)CB
131CBCA(CO)NH
141HNCO
151H(C)(CO)NH-TOCSY
161(H)CCH-TOCSY
171TOCSY-HSQC
181(15N,1H,1H)NOESY-HSQC
191(13C,1H,1H)HMQC-NOESY
1101(13C,13C,1H)HMQC-NOESY
1111(1H,1H)NOESY
NMR実験の詳細Text: IONIC_STRENGTH: NULL PRESSURE: NULL SOLVENT SYSTEM: H2O/D2O (9:1, V/V)

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7202

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE DISTANCE VIOLATION GREATER THAN 0.35 A, NO DIHEDRAL ANGLE RESTRAINT VIOLATION GREATER THAN 5 DEG, RMS DIFFERENCE FOR BOND DEVIATIONS FROM IDEALITY LESS ...コンフォーマー選択の基準: NO NOE DISTANCE VIOLATION GREATER THAN 0.35 A, NO DIHEDRAL ANGLE RESTRAINT VIOLATION GREATER THAN 5 DEG, RMS DIFFERENCE FOR BOND DEVIATIONS FROM IDEALITY LESS THAN 0.01 A, RMS DIFFERENCE FOR ANGLE DEVIATIONS FROM IDEALITY LESS THAN 2 DEG, LOWEST TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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