[日本語] English
万見
- PDB-1bxz: CRYSTAL STRUCTURE OF A THERMOPHILIC ALCOHOL DEHYDROGENASE SUBSTRA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A THERMOPHILIC ALCOHOL DEHYDROGENASE SUBSTRATE COMPLEX FROM THERMOANAEROBACTER BROCKII
要素NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / THERMOPHILIC ALCOHOL DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-BUTANOL / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Li, C. / Heatwole, J. / Soelaiman, S. / Shoham, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a thermophilic alcohol dehydrogenase substrate complex suggests determinants of substrate specificity and thermostability.
著者: Li, C. / Heatwole, J. / Soelaiman, S. / Shoham, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal Parameters of an Alcohol Dehydrogenase from the Extreme Thermophile Thermoanaerobium Brockii
著者: Zhang, Z. / Djebli, A. / Shoham, M. / Frolow, F. / Peretz, M. / Burstein, Y.
履歴
登録1998年10月9日処理サイト: BNL
改定 1.02000年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,57720
ポリマ－150,7794
非ポリマー79716
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17530 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area43750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.450, 123.080, 168.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999884, 0.012955, -0.008011), (0.004585, 0.75756, 0.65275), (0.014525, 0.652637, -0.757531)-36.6749, -9.2315, 25.5537
2given(0.531379, 0.300113, -0.792192), (0.296637, -0.941857, -0.157837), (-0.7935, -0.151122, -0.589508)2.6799, 2.6689, 6.2178
3given(-0.526449, -0.285158, 0.80096), (-0.300185, -0.81906, -0.488906), (0.79545, -0.49782, 0.345593)-39.3488, -3.5795, 22.3549

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 37694.871 Da / 分子数: 4 / 断片: NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN, CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, alcohol dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 264分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-SBT / 2-BUTANOL / (S)-2-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: pH 5.8
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %PEG80001reservoir
25.8 %(v/v)MPD1reservoir
32.5 %(v/v)sec-butanol1reservoir
450 mMmagnesium acetate1reservoir
50.1 MMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日
放射モノクロメーター: CRYSTAL MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 30323 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 89
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.3C精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KEV

1kev


解像度: 2.99→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2986 10 %RANDOM
Rwork0.2142 ---
obs0.2142 29742 86.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--7.064 Å20 Å2
3----7.237 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.54 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10572 0 20 248 10840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.08
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.15
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDWeight position
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION20
22X-RAY DIFFRACTION20
33X-RAY DIFFRACTION20
44X-RAY DIFFRACTION20
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.01 Å / Num. reflection Rwork: 604 / Total num. of bins used: 50
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SBTTOPH19.SBT
X-RAY DIFFRACTION3ION_MOD.PARAMION_MOD.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3C / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 29745 / Num. reflection Rfree: 2575 / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.15
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.6

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る